GSDS網(wǎng)站有時(shí)候打不開(kāi)羞海，可能服務(wù)器沒(méi)有人維護(hù)，原網(wǎng)站：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php
這里為了方便大家使用GSDS却邓，繪制基因結(jié)構(gòu)圖，組學(xué)大講堂免費(fèi)提供一個(gè)鏡像使大家可以在自己的電腦上搭建一個(gè)GSDS網(wǎng)站简十，這樣就永遠(yuǎn)不會(huì)打不開(kāi)網(wǎng)站了撬腾，具體方法如下：
搭建網(wǎng)站系統(tǒng)環(huán)境：
操作系統(tǒng)：win10教育版，
docker：docker桌面版本
1.下載組學(xué)大講堂提供的專門為GSDS定制的docker鏡像
> docker search omicsclass? ?#搜索鏡像
NAME? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?DESCRIPTION? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?STARS? ? ? ? ? ? ? ?OFFICIAL? ? ? ? ? ? AUTOMATED
omicsclass/gene-family? ? ? ? ?gene-family analysis docker image? ? ? ? ? ? ? ?4
omicsclass/rnaseq? ? ? ? ? ? ? RNA-seq analysis docker image build by omics…? ?3
omicsclass/reseq? ? ? ? ? ? ? ?whole genome resequence analysis? ? ? ? ? ? ? ? 1
omicsclass/blast-plus? ? ? ? ? blast+ v2.9.0? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?0
omicsclass/biocontainer-base? ?Biocontainers base Image centos7? ? ? ? ? ? ? ? 0
omicsclass/isoseq3? ? ? ? ? ? ?isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass? ? ? ? ? ? ? 0
omicsclass/bwa? ? ? ? ? ? ? ? ?BWA v0.7.17 build by omicsclass? ? ? ? ? ? ? ? ?0
omicsclass/samtools? ? ? ? ? ? samtools v1.10 build by omicsclass? ? ? ? ? ? ? 0
omicsclass/blastall? ? ? ? ? ? legacy blastall v2.2.26? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?0
omicsclass/sratoolkit? ? ? ? ? SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872? ? ?0
omicsclass/ampliseq-q2? ? ? ? ?Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image? ? ? ? 0
omicsclass/bsaseq? ? ? ? ? ? ? NGS Bulk Segregant Analysis image? ? ? ? ? ? ? ?0
omicsclass/ampliseq-q1? ? ? ? ?Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image? ? ? ? ?0
omicsclass/gwas? ? ? ? ? ? ? ? gwas analysis images? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
omicsclass/gsds-v2? ? ? ? ? ? ?GSDS 2.0 – Gene Structure Display Server? ? ? ? 0
> docker pull omicsclass/gsds-v2? #下載鏡像
2.下載GSDS網(wǎng)站源代碼下載：gsds_v2.zip，然后解壓文件到一個(gè)目錄：
我這里解壓到了：D:\gsds_v2
3.啟動(dòng)docker鏡像：
>docker images#查看后臺(tái)鏡像
REPOSITORY? ? ? ? ? ? ? ?TAG? ? ? ? ? ? ? ? ?IMAGE ID? ? ? ? ? ? CREATED? ? ? ? ? ? ?SIZE
omicsclass/gsds-v2? ? ? ?latest? ? ? ? ? ? ? d77e054c3744? ? ? ? 8 hours ago? ? ? ? ?2.54GB
mattrayner/lamp? ? ? ? ? latest? ? ? ? ? ? ? 05750cfa54d5? ? ? ? 5 days ago? ? ? ? ? 915MB
omicsclass/bsaseq? ? ? ? latest? ? ? ? ? ? ? d5ed7a70bfc8? ? ? ? 13 days ago? ? ? ? ?9.77GB
omicsclass/reseq? ? ? ? ?v1.1? ? ? ? ? ? ? ? da154448a90f? ? ? ? 4 weeks ago? ? ? ? ?8.83GB
omicsclass/gene-family? ?v1.0? ? ? ? ? ? ? ? 2d1d640726dd? ? ? ? 3 months ago? ? ? ? 4.53GB
>docker run -d -p 80:80 -v D:\gsds_v2\:/app omicsclass/gsds-v2:latest?#后臺(tái)啟動(dòng)docker網(wǎng)站服務(wù)器
4.打開(kāi)網(wǎng)站使用本地GSDS網(wǎng)站：
網(wǎng)站本地地址：127.0.0.1? ?，如果網(wǎng)站沒(méi)有打開(kāi)喧半，可以稍等一下挺据，后臺(tái)服務(wù)啟動(dòng)需要時(shí)間；
5.docker安裝與使用：
docker學(xué)習(xí)安裝使用課程見(jiàn)：
https://study.163.com/course/introduction/1210028910.htm?share=1&shareId=1031484705
更多技能學(xué)習(xí)鏈接：
http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息課程：
1. 文章越來(lái)越難發(fā)？是你沒(méi)發(fā)現(xiàn)新思路占哟，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡(jiǎn)單快速酿矢，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入瘫筐？圖表看不懂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件肛捍，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀；轉(zhuǎn)錄組（無(wú)參）結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA拙毫，提升你的文章檔次，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘峭跳？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘缺前、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制衅码、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用肆良、perl入門到精通逸绎、perl語(yǔ)言高級(jí)、R語(yǔ)言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程巫糙，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章颊乘，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘乏悄、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析开呐、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析规求、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接：二代測(cè)序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳阻肿、二代測(cè)序數(shù)據(jù)解讀。
