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1够委、創(chuàng)建并登陸一個(gè)easyGWAS帳戶；
2肃叶、一個(gè)物種和一個(gè)數(shù)據(jù)集蹂随，以及一個(gè)基因注釋集（可選）。例如：選擇物種擬南芥因惭、數(shù)據(jù)集AtPolyDB（調(diào)用方法 75岳锁，Horton 等人）和基因注釋集基因注釋 (TAIR9)；
3蹦魔、選擇一個(gè)表型激率，總共可以選擇 5 種表型，在本教程中勿决，我們通過鍵入名稱來選擇兩種表型LD和LDV乒躺；
4、表型分布的直方圖和 Shapiro-Wilk 檢驗(yàn)的 p 值低缩，Shapiro-Wilk 檢驗(yàn)檢驗(yàn)數(shù)據(jù)來自正態(tài)分布的原假設(shè)嘉冒，Log10轉(zhuǎn)換
5、可以在實(shí)驗(yàn)中添加協(xié)變量或主成分。但是健爬，此步驟是可選的控乾，在本教程中，我們通過單擊“繼續(xù)”來跳過它娜遵。
6蜕衡、可以選擇所有可用的 SNP 進(jìn)行分析，也可以選擇一組染色體设拟；
7慨仿、必須選擇要用于分析的算法和過濾器。首先纳胧，我們選擇10% 的次要等位基因頻率過濾器镰吆。接下來，我們?yōu)槊總€(gè)表型選擇算法EMMAX并單擊繼續(xù)跑慕；
8万皿、可以通過單擊Submit GWAS將 GWAS 提交到計(jì)算服務(wù)器。
9核行、計(jì)算完成后我們將通過電子郵件收到通知牢硅。
上傳的文件格式
存儲(chǔ)基因型數(shù)據(jù)需要兩個(gè)文件：PED 和 MAP 文件。
PED 文件開頭有 6 個(gè)固定列芝雪，后跟 SNP 信息减余。各列應(yīng)由空格或制表符分隔。前六列包含以下信息：
家庭 ID（如果未知惩系，請(qǐng)使用與第二列中的樣本 ID 相同的 ID）
樣品編號(hào)
父親 ID（如果未知位岔，請(qǐng)使用 0）
母親 ID（如果未知，請(qǐng)使用 0）
性別（如果未知?jiǎng)t使用 0）
未使用堡牡，設(shè)置為0
其余列：SNP
MAP 文件包含有關(guān)每個(gè) SNP 的信息抒抬。每一行對(duì)應(yīng) PED 文件中的一個(gè) SNP；SNP 的順序必須與 PED 文件中的順序相同悴侵，即 MAP 文件中的行順序必須與 PED 文件中的列匹配（從第 7 列開始）
MAP 文件必須恰好有四列瞧剖，其中包含以下信息（各列應(yīng)以空格或制表符分隔）：
染色體 ID（例如 Chr1 代表染色體 1）
唯一的 SNP 標(biāo)識(shí)符
基因組距離（如果未知?jiǎng)t使用 0）
單核苷酸多態(tài)性 (SNP) 位置
R語言跑GWAS
https://www.r-bloggers.com/2017/10/genome-wide-association-studies-in-r/
