3. 分析基因突變與藥物敏感性影響（GDSC）
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通過(guò)基因檢索
- Step 1 - 點(diǎn)擊"features"杂抽，選擇泛癌或者其他特定癌種陌粹，并輸入基因名稱(chēng)"TP53"
- Step 2 - 下面會(huì)有“TP53_mutant”舞蔽，點(diǎn)擊進(jìn)入可見(jiàn)到火山圖"即可觀察該基因突變對(duì)藥物敏感性的影響"-
此時(shí)也可以勾選癌癥類(lèi)型租副，紅色代表突變后引起耐藥抗愁，綠色表示敏感郑藏，面積大小代表顯著性差異大小
- Step 3 - 此時(shí)也可以勾選散點(diǎn)圖衡查，并且點(diǎn)擊散點(diǎn)圖的右上角“select drug”還可以選擇特定藥物，也可以勾選特定癌種
可以看到該藥物作用下基因野生型和突變型的耐藥性差異必盖，并且可以一目了然的看到該藥物作用下對(duì)于該基因突變野生型藥物敏感程度在哪種腫瘤中最顯著拌牲。
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通過(guò)細(xì)胞系檢索
- Step 1 - 點(diǎn)擊"cell lines"，可以瀏覽尋找也可輸入細(xì)胞系的名稱(chēng)“201T” - 頁(yè)面會(huì)有細(xì)胞系名稱(chēng)歌粥，COSMIC ID塌忽，腫瘤組織，分類(lèi)等信息
- Step 2 - 點(diǎn)擊“201T”即可進(jìn)入該細(xì)胞系的頁(yè)面失驶，- 可以看到該細(xì)胞系對(duì)哪些藥物敏感土居，哪些藥物耐藥
- Step 3 - 此時(shí)點(diǎn)擊“COSMIC ID” - 可以看到該細(xì)胞系的基因圖譜以及所有信息
通過(guò)細(xì)胞系檢索
- Step 1 - 點(diǎn)擊"compounds"，可以瀏覽尋找也可輸入藥物名稱(chēng) - 可以看到藥物名稱(chēng)嬉探，靶點(diǎn)基因及通路擦耀，Pubchem ID
- Step 2 - 點(diǎn)擊“cisplatin”即可進(jìn)入該藥物頁(yè)面，- 可以看到該藥物的最大最小IC50以及相關(guān)細(xì)胞數(shù)量涩堤，除表格以外眷蜓，下方有相關(guān)數(shù)據(jù)的excel表格，可以導(dǎo)出分析胎围。
- Step 3 - 還可以點(diǎn)擊火山圖吁系，顯著性差異默認(rèn)設(shè)置為小于20，可以自己根據(jù)P值進(jìn)行重新設(shè)置白魂，兩個(gè)圖均可以看到哪些基因突變對(duì)該藥物的敏感性有所影響汽纤。
- 還可以點(diǎn)擊散點(diǎn)圖，并可以根據(jù)右上角的“select features”還可以選擇特定基因突變情況碧聪，也可以勾選特定癌種
