melodic_ica code

1.剝頭皮
bet HC001.nii.gz HC001_brain.nii.gz -f 0.3
2.準(zhǔn)備文件列表
ls *.nii.gz | sed "s:^:`pwd`/:"
3.運(yùn)行fsl-melodic gui
fsl
4.鑒定成分
fslcc --noabs -p 3 -t 0.2 RSNs_3mm.nii.gz groupmelodic.ica/melodic_IC.nii.gz
5.構(gòu)建設(shè)計(jì)矩陣和對(duì)比矩陣
design_ttest2 design 14 11
6.dual_regression
dual_regression groupmelodic.ica/melodic_IC 1 design.mat design.con 5000 stats `cat .filelist`
跑完可以用fslmaths卡0.95的閾值后可視化例如：
fslmaths dr_stage3_ic0000_tfce_corrp_tstat1.nii.gz -thr 0.95 dr_stage3_ic0000_tfce_corrp_tstat1_95thrd.nii.gz
也可以拷貝dr_stage2*Z.nii.gz文件自行做統(tǒng)計(jì)
*7.畫出每個(gè)成分的圖片在melodic_IC.sum（FSLnets可以調(diào)用展示，僅此）
slices_summary groupmelodic.ica/melodic_IC 4 /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_3mm groupmelodic.ica/melodic_IC.sum
8.
運(yùn)行calFNCmat.m可以直接求得FNC矩陣，后續(xù)可在gretna里面繼續(xù)分析铃将，參考前幾天內(nèi)容
也可以運(yùn)行matlab代碼FNCscripts.m調(diào)用FSLnets進(jìn)行統(tǒng)計(jì)
（注意却妨，如果運(yùn)行過(guò)calFNCmat.m，則需要把stats文件夾里面的FNCmat*.txt和zFNCmat*.txt移走）

####可視化某一成分盯质，以11號(hào)成分為例
mkdir groupmelodic.ica/presentation
flirt -in groupmelodic.ica/stats/thresh_zstat11.nii.gz -ref /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_0.5mm.nii.gz -applyxfm -usesqform -out groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres.nii.gz
overlay 1 0 /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_0.5mm.nii.gz -A groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres.nii.gz 2.5 10 groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz

slicer groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz -a groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.png

slicer groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz -S 15 2 groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay_axis.png

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