本文選自Molecular Therapy: Nucleic Acids徙垫,https://doi.org/10.1016/j.omtn.2019.12.028受啥,喜歡的朋友可以拿去注暗。別廢話季眷,上圖啊腺晾!
對不起燕锥,真沒有流程圖(沒有圖你也能發(fā)文章)。如果不介意悯蝉,我可以手繪一個归形。
作者用的GEO數(shù)據(jù)挖掘,發(fā)現(xiàn)本文circRNA在胰腺癌高表達(dá)鼻由,然后暇榴,在 Circular RNA Interactome website https://circinteractome.nia.nih.gov/miRNA_Target_Sites/mirna_target_sites.html預(yù)測了結(jié)合的miRNA? miR-324-5p,miR-377, and miR-486-3p.然后又在StarBase預(yù)測了miR-377的靶點(diǎn)厚棵,又和GEO的三個數(shù)據(jù)集取了一個交集,發(fā)現(xiàn)了miRNA的兩個靶點(diǎn):CAMK2N1 and HOXC6蔼紧,在PDAC中高表達(dá)婆硬。
接著作者又在組織中驗證了一下circRNA表達(dá)情況,和數(shù)據(jù)庫的一致奸例,然后分析了和生存相關(guān)彬犯,以及細(xì)胞系表達(dá)情況(這不是套路嗎)
然后作者又了功能驗證,也就是活力查吊,細(xì)胞周期谐区,增殖之類的,然后敲減和過表達(dá)逻卖,體內(nèi)實驗驗證促進(jìn)腫瘤和抑制腫瘤生長的情況卢佣。
然后驗證靶點(diǎn),先FISH定位聚集在哪箭阶。一般聚集在細(xì)胞質(zhì),就在細(xì)胞質(zhì)中發(fā)揮作用戈鲁,聚集在核內(nèi)那就厲害了仇参。然后就要驗證這個miR存在了,然后再找他們互補(bǔ)結(jié)合的部位婆殿,然后熒光素酶報告他們結(jié)合在一起诈乒,PULL down再拉下來。進(jìn)一步驗證了miRNA的靶點(diǎn)婆芦。
TCGA分析一波怕磨,發(fā)現(xiàn)miRNA低表達(dá),然后就是一波對于miRNA的操作消约,和circRNA一樣的肠鲫。
最后就是那個蛋白了,驗證一波或粮,然后又是對蛋白的一波操作导饲。
至此,本文結(jié)束了速妖。還是屬于一般的套路的文章变过,機(jī)制也不是特別深男韧,對于他們這個分組我還是覺得挺有意思的〈校可能就是生信和機(jī)制相結(jié)合相互驗證的文章,其實并沒有特別的創(chuàng)新點(diǎn)冗尤。謝謝大家听盖,歡迎批評胀溺、指正。