由于興趣，自學(xué)生信第一天璃氢，純屬記錄哟玷，若有錯漏，歡迎指出一也。
第一次用簡書巢寡，真有點不習(xí)慣，哈哈哈哈椰苟。
教材：鳥哥的私房菜抑月，4-12章，某公司培訓(xùn)材料
一尊剔、基礎(chǔ)命令篇：
常見操作命令
su -user
更改為其他用戶并使用其環(huán)境變量設(shè)置? su root 切換到管理員命名爪幻。
cp命令
文件復(fù)制
-a 拷貝目錄，保留鏈接须误、文件屬性，并遞歸地拷貝目錄
cp -i 交互式拷貝仇轻，詢問是否覆蓋文件京痢。
cp -l 不做拷貝文件，只作鏈接篷店。
mv命令
[參數(shù)] 源文件或目錄 目標(biāo)文件或目錄? ? ? 對象為文件為則為改名祭椰，為目錄將文件或者目錄移動到該文件.
-i 交互式操作臭家，-f 強制執(zhí)行。
rm命令
刪除文件/目錄方淤，對于鏈接文件只是斷開鏈接
-I 交互式刪除钉赁，-r 刪除目錄與子目錄 ，*刪除當(dāng)前目錄下所有文件（目錄不刪除）
mkdir命令
創(chuàng)建一個目錄（類似MSDOS下的md命令）携茂。要求創(chuàng)建目錄的用戶在當(dāng)前目錄中（dir-name的父目錄中）具有寫權(quán)限你踩，并且 dirname 不能是當(dāng)前目錄中已有的目錄或 文件名稱
-p 可以是一個路徑名稱。此時若路徑中的某些目錄尚不存在讳苦，加上此選項后带膜，系統(tǒng)將自動建立好那些尚不存在的目錄，即一次可以建立多個目錄鸳谜。
rmdir命令
刪除一個或多個子目錄項膝藕，目錄必為空
-p 遞歸刪除目錄，當(dāng)子目錄刪除時父目錄為空咐扭，可連續(xù)刪除芭挽。
cd命令?
更改目錄，..切換為上一層：
cd /? 切換為根目錄
cd ~ 切換至宿主目錄(用戶登錄時所在的目錄)蝗肪，效果等同于不加指定目錄览绿。
pwd 命令
該命令顯示用戶當(dāng)前所在路徑。
ls 命令
顯示目錄或文件穗慕。
?-a 隱藏文件
?-R 遞歸式地顯示指定目錄的各個子目錄中的文件
?-l 以長格式顯示文件的詳細(xì)信息饿敲。
文本查看命令
More 命令
顯示一屏文本，若要繼續(xù)顯示逛绵，按回車或空格鍵怀各，退出按 q 或 Q。
-p 顯示下一屏之前清屏术浪，
-s 文件中連續(xù)空白行壓縮成一個空白行顯示瓢对。
More -c -5 example.txt 執(zhí)行該命令，先清屏胰苏，然后以每五行方式顯示文件硕蛹。
?Less 命令
用less顯示文件，文件往前移動硕并，按b鍵法焰，要移動到用文件的百分比表示的某位置，則指定一個 0 到 100 之間的數(shù)倔毙，并按 p 即可埃仪。
Cat 命令
顯示命令，它依次讀取其后所指文件的內(nèi)容并將其輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出陕赃，該命令功能之二是用來將兩個或多個文件連接起來卵蛉。
-n 在文件的每行前面顯示行號颁股。
-b 對于空白行不顯示行號。
-s 消除兩行以上空白行傻丝。
?head 命令
顯示指定文件的前若干行甘有。
-n line
tail 命令
輸出文件后幾行。-n 只顯示后面n行葡缰。-c 最后幾個字節(jié)亏掀。-f 動態(tài)顯示.
sed 命令
只看文件的中間幾行。
Sed -n ‘5,10p’ /etc/ 只看文件的第5-10行运准。
grep命令
過濾器幌氮，搜索文件并過濾出某個特征行。
-n 所找到的行在行前加上行號列出胁澳。
-v 把不包含匹配模式的行列出该互。
grep -n mrna 文件輸出。
文本處理命令
Sort命令
排序并輸出韭畸。
-u 對排序后認(rèn)為相同的行只留其中一行宇智。
-d 按字典順序排序，比較時僅字母胰丁、數(shù)字随橘、空格和制表符有意義。
+posl -pos2 指定一個或幾個字段作為排序關(guān)鍵字锦庸，字段位置從括posl机蔗，不包括pos2）。如不指定pos2甘萧，則關(guān)鍵字為從posl到行尾萝嘁。字段和字符的位置從0開始。
-b 在每行尋找排序關(guān)鍵詞時忽略前導(dǎo)的空白扬卷。
-t a 指定字符a 作為字段分隔符牙言。
Uniq命令
將文件中的重復(fù)行中刪除，只留下每條記錄的唯一樣本怪得。
-c 顯示輸出中咱枉，在每行行首加上本行在文件中出現(xiàn)的次數(shù)。它可取代-u和-d選項
-d 只顯示重復(fù)行徒恋。
-u 只顯示文件中不重復(fù)的各行蚕断。
-n 前n個字段與每個字段前的空白一起被忽略。一個字段是一個非空格因谎、非制表符的字符串, 彼此由制表符和空格隔開基括。
+n 前n個字符被忽略，之前的字符被跳過财岔。
wc命令
用來統(tǒng)計給定文件中的字節(jié)數(shù)风皿、字?jǐn)?shù)、行數(shù).
-c 統(tǒng)計字節(jié)數(shù)
-l 統(tǒng)計行數(shù)
-w 統(tǒng)計字?jǐn)?shù)匠璧。
顯示行數(shù)桐款、字?jǐn)?shù)、字節(jié)數(shù)夷恍、文件名 （34 算一個字）1個漢字在這里被轉(zhuǎn)換為3字節(jié)
Split 命令
將一個文件分割成數(shù)個魔眨，生成文件依次為前綴aa……，默認(rèn)前綴x
-b SIZE SIZE值為每一輸出文件的大小酿雪，單位為 byte
-l NUMBER number 為每一輸出文件的行數(shù)遏暴。
split -b 30k UCSC.lis TEST（例子，TEST為前綴）
cut 命令
截取文件中的某字段
-c m-n 表示顯示每一行的第 m 個字元到第 n 個字元
-f m-n 表示顯示第m欄到N 攔 （使用 tab 分隔)指黎。
-d’ 分隔符’ 用來定義分隔符（單個字符）朋凉，默認(rèn)為 tab 鍵，和-f 配合使用醋安。
cut -f 1-2 -d ',' UCSC.lis 以“杂彭，”為分隔符，取文件UCSC.lis的第一列和第二列吓揪。
awk命令
對文件進行信息提取等處理
awk '{ print }' /etc/passwd 此命令輸出/etc/passd 文件內(nèi)容
$ awk -F:":" ’{ print $1 }’ /etc/passwd 使用 -F 選項來指定 ":" 作為字段分隔符亲怠，打印出在輸入文件中每一行中出現(xiàn)的第一個字段。
改變文件或目錄的權(quán)限命令
chmod 命令
chmod命令用于改變文件或目錄的訪問權(quán)限
字母設(shè)定
chmod g+r柠辞，o+r GC_content.pl
chmod g+rw file 增加組內(nèi)可讀寫權(quán)限团秽。
chmod o=rx file 更改文件的權(quán)限，使其他用戶可讀可執(zhí)行
數(shù)字設(shè)定
0 無權(quán)限
1 可執(zhí)行
2可寫
4可讀
權(quán)限可以數(shù)字的形式疊加叭首。
rwx屬性則4+2+1=7
chmod 755 GC_content.pl
-r 更改所有的權(quán)限习勤，包括子目錄及其內(nèi)文件
chgrp命令?
改變
文件或目錄所屬的用戶組，可以是組 ID放棒，也可以是組名（見文件/etc/group）
-R 遞歸式地改變指定目錄及其下的所有子目錄和文件的屬組姻报。
chown 命令?
更改某個文件或目錄的屬主和屬組
-R 遞歸式地改變指定目錄及其下的所有子目錄和文件的屬組。
chown -R soft:bgi genome/
(12)備份與壓縮命令
tar命令（打包備份）
tar可以為文件和目錄創(chuàng)建檔案, 利用tar间螟，用戶可以為某一特定文件
件）吴旋，也可以在檔案中改變文件，或者向檔案中加入新的文厢破；全部打包成一個文件
-cf 創(chuàng)建新的檔案文件荣瑟。用于備份。
-rf 把要存檔的文件追加到檔案文件的末尾摩泪。
-tvf 列出檔案文件的內(nèi)容笆焰，查看備份了哪些檔案。
-uf 更新文件见坑。就是說嚷掠，用新增的文件取代原備份文件
-xf 從檔案文件中釋放文件捏检，解壓縮
-zf 用壓縮檔案文件。
tar -cf bin.tar /usr/bin 將/usr/bin 目錄下所有文件打包成 bin.tar
tar -xf bin.tar 提出 bin.tar 包里所有文件（但是包本身還存在）
tar -tvf bin,tar 給出目錄不皆，但是不解壓縮贯城。
Tar -help 顯示幫助信息。
tar -rf up.tar text.txt 往壓縮包中添加文檔霹娄。
gzip命令
對文件壓縮解壓縮
對文件進行壓縮和解壓縮的命令能犯，可以減少文件大小，.gz的壓縮文件
-c 輸出犬耻，并保留原有文件踩晶，與-d聯(lián)用
-d 將壓縮文件解壓。源文件不存在了枕磁。
-l 對每個壓縮文件渡蜻，顯示壓縮文件的大小，未壓縮時候的大小透典， 壓縮比及文件壓縮前名字
-r 遞歸地查找指定目錄并壓縮其中的所有文件或者是解壓縮 (-r 壓縮晴楔，-rd解壓縮)
unzip命令
window 系統(tǒng)下的文件zip用該命令解壓縮、
-x 文件列表 解壓縮文件峭咒，但不包括指定的file文件税弃。
-v 查看壓縮文件目錄，但不解壓
-t 測試文件有無損壞凑队，但不解壓则果。
-d 目錄，把壓縮文件解到指定目錄下漩氨。
-z 只顯示壓縮文件的注解
-n 不覆蓋已經(jīng)存在的文件
-o 覆蓋已存在的文件且不要求用戶確認(rèn)西壮。
-j 所有文件解壓到同一目錄下。
Compress壓縮文件
.z 格式可以用 uncompress 解壓縮或使用參數(shù)-d 解壓縮叫惊。
磁盤和系統(tǒng)管理命令
df命令
-a 顯示所有文件系統(tǒng)的磁盤活動
-k 以K字節(jié)顯示
-i 顯示i 節(jié)點信息款青。
-t 顯示各指定類型的文件系統(tǒng)的磁盤空間使用情況
-x 列出不是某一指定類型文件系統(tǒng)的磁盤空間使用情況
-T 顯示文件系統(tǒng)類型。
du命令
指定目錄的每一個子目錄并顯示該目錄占用文件系統(tǒng)數(shù)據(jù)塊情況霍狰，如不指定則為當(dāng)年目錄抡草。
-s 對每個文件或目錄只給出占用的數(shù)據(jù)塊總數(shù)
-a 遞歸
-b 以字節(jié)為單位列出磁盤空間使用情況
-k
-c 最后加上總計
-l 計算所有文件大小，對于硬鏈接文件蔗坯，反復(fù)計算
-x 跳過不同系統(tǒng)上的目錄不予統(tǒng)計康震。
free命令
查看當(dāng)前系統(tǒng)內(nèi)存的使用情況，
top命令
即時顯示進程動態(tài)宾濒，進入 top 命令后可以使用如下幾個命令進行操作
h:顯示幫助信息
q: 離開
s: 更新速度腿短，每幾秒更新一次,空格鍵手動更新。
n: 只顯示上面運行的幾個進程
i: 不顯示閑置不用的形成
u: 單獨顯示某一用戶的進程，“+”顯示所有用戶的進程橘忱。
ps命令
顯示用戶的運行程序或系統(tǒng)程序
-e 所有用戶的進程
-u 列出用戶的進程
-f 給出詳細(xì)列表
history命令
查詢歷史命令記錄
Kill 命令
殺死一般無法終止的進程
-signal pid signal 為 0 到 31 的數(shù)字赴魁，也可以是特定字符串。如數(shù)字 9 代表 KILL鹦付，可以殺 掉一般無法終止的程序
-l 查看 signal 代表的意思尚粘。常用的 signal 有 HUP择卦、STOP敲长、CONT 等。
