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更多參考：
https://shengxin.ren/question/541
http://www.reibang.com/p/da5922df19d1
https://www.differencebetween.com/difference-between-synteny-and-collinearity/
一捷犹、同線性和共線性
- Synteny（同線性）和Collinearity（共線性）在基因組學(xué)中是可以互換使用的兩個(gè)術(shù)語。
- Synteny（同線性）是指一組基因在不同物種的同一染色體上的物理共定位澜公。
- Collinearity（共線性）是同線性的一種形式姆另，是指一組基因在不同物種之間以相同的順序共定位。
- fig1.Synteny and Collinearity.png
（一）Synteny（同線性）
- Synteny（同線性）：在不同的物種中玛瘸，位于同一條染色體上的一組基因的物理共定位蜕青。這些基因在單個(gè)染色體上的位置非常接近，但在不用物種中的排列順序可能不相同糊渊。
- 同線性主要描述基因在染色體上的分布模式右核，這些基因的共定位模式表明不同物種間的關(guān)系及其進(jìn)化。
（二）Collinearity（共線性）
- Collinearity（共線性）：共線性主要是用來描述同一染色體上基因的位置關(guān)系渺绒，也就是指由同一祖先型分化而來的不同物種間基因的類型以及相對順序的保守性（即基因的同源性+基因的排列順序）贺喝。
- 共線性片段的大小與物種之間的分化時(shí)間有很大關(guān)系：分化時(shí)間較短的物種間，積累的變異較少宗兼，會(huì)保留更多從祖先遺傳下來的特征躏鱼；相反的，分化時(shí)間較長的物種間由于變異積累而導(dǎo)致共有的特征變少殷绍，反而獲得較短的共線性片段染苛。
- 基于同線性和共線性在成對的基因組比較中識別一對一的最佳匹配染色體區(qū)域，是識別不同物種中同源基因的較好方法。
二茶行、不同水平的共線性
- 全基因組水平的共線性：基于基因組的全部DNA序列躯概，常用軟件Mummer
- 基因水平的共線性：基于編碼蛋白序列，保守性較高畔师，常用軟件McscanX/JCVI
三娶靡、定量評估連個(gè)基因組間的共線程度
- 兩個(gè)基因組間的共線區(qū)域（block）的數(shù)量
- block在整個(gè)基因組區(qū)域上的占比率
- 如果是基因水平的共線性還可以統(tǒng)計(jì)block內(nèi)的gene pair數(shù)量
