之前一直是用semPlot這個包給來進行結(jié)構(gòu)方程模型的路徑繪制挽鞠，自從用了tidySEM這個包后就發(fā)現(xiàn)之前那個包不香了，今天就給大家分享一下tidySEM狈孔。
這個包的很大特點就是所有的畫圖原始都是存在數(shù)據(jù)框中的信认，這樣以來我們就可以像編輯excel一樣改變圖中元素的位置，非常的個性化均抽。
例子說明
畫圖之前我們需要有一個畫圖的對象fit嫁赏，也就是你的擬合成功的SEM模型
第二步是要將這個對象的圖中的可以編輯的節(jié)點通過get_nodes(fit)得到，或者通過get_edges(fit)得到可以編輯的邊
然后用get_layout()設(shè)定你想要的個性化布局
第四步就是用graph_sem出圖了
先跑個CFA試試手油挥？
library(lavaan)HS.model<- ' visual? =~ x1 + x2 + x3textual=~ x4 + x5 + x6speed=~ x7 + x8 + x9 'fit<- cfa(HS.model, data=HolzingerSwineford1939)
上面的代碼運行后就可以得到一個完整的驗證性因子分析的結(jié)果對象fit潦蝇，我們可以先畫出這個對象的默認路徑圖，代碼如下：
graph_sem(model = fit)
運行后即可得到圖：
這個圖其實挺不錯的啦深寥，不過我還是想自己編輯一下圖的布局攘乒，怎么做呢？
我先使用get_layout()把現(xiàn)在的布局提取出來翩迈，提出來后是一個矩陣持灰，這個矩陣和圖上面的元素是對應(yīng)的，空白處就對應(yīng)的是“NA”负饲，提取布局的代碼如下：
get_layout(fit)
結(jié)果如下堤魁，可以看到圖中各個元素都對應(yīng)在一個3*8的矩陣中，元素的位置就是我們畫出圖的位置：空白部分就全是NA：
我們改動圖布局的原理就是改這個矩陣返十，比如我現(xiàn)在就想三個因子放在同一個水平妥泉，我就可以規(guī)定如下的矩陣：
lay<- get_layout( NA,"textual", NA,? NA,"speed", NA,? NA,"visual", NA,? ? ? ? ? ? ? ? NA, NA,? NA,? NA, NA,? NA, NA, NA,? NA,"x1","x2","x3","x4","x5","x6","x7","x8","x9",rows =3)
這個矩陣的意思就是3個潛變量全部放在第一行，空一行之后放9個顯變量洞坑，我們出圖試試看是不是這個效果：
graph_sem(fit, layout = lay)
看到?jīng)]盲链，完全沒有問題，大家也可以自己調(diào)一調(diào)試一試哈迟杂。
所以說我們就是通過編輯這個矩陣刽沾，就可以隨心所欲地改變整個圖的布局，原理就是如此排拷。
自定義節(jié)點和邊
這一部分給大家寫寫如何個性化節(jié)點和邊侧漓，首先我們可以很容易地通過get_nodes(fit)和get_edges(fit)得到原始的節(jié)點和邊的布局：
get_nodes(fit)
結(jié)果就顯示我們是有3個橢圓的潛變量和9個方形的顯變量，以及每個元素的標簽监氢。
get_edges(fit)
運行后得到所有的邊的結(jié)果：
因為圖中的邊還是比較多的邊所以運行g(shù)et_edges(fit)的結(jié)果非常長布蔗，我們可以看到輸出中有邊從哪兒開始from到哪兒去to藤违，什么類型的箭頭arrow，邊的標簽label等等纵揍。
利用好這些信息我們就可以改變邊的顏色或者線條類型顿乒，最常見的就是將不顯著的變成虛線，將顯著的路徑加紅加粗等
我們知道畫圖都是畫的節(jié)點和邊的標簽label泽谨，所以我們通過將節(jié)點的label改變就可以自定義圖中節(jié)點或者邊標簽了璧榄，我們試試：
比如我希望我的圖中所有對象的標簽是變量名+我的公眾號名字，我就可以寫出如下代碼：
prepare_graph(fit) %>%edit_graph({ label = paste(p[,3]," Codewar") }) %>%plot()
運行后就得到下面的效果：
再比如我想讓所有的節(jié)點變個顏色隔盛，藍色犹菱，我可以寫出如下代碼：
prepare_graph(fit) %>%? edit_graph({ label_color ="blue"},element='nodes') %>%? plot()
上面的操作只是玩玩，并沒有什么卵用吮炕，接下來寫點實際用得上的
首先先了解下所有可以改變的路徑線的視覺效果腊脱，包括：
linetype:?The type of line, e.g., continuous (linetype = 1 or dashed linetype = 2)
colour or color:?The color of the line (e.g., colour = "red" or colour = "blue")
size:?The size of the line (e.g., size = 1 or size = 2)
alpha:?The transparency of the line (e.g., alpha = 1 or alpha = .2)
就是圖中線的類型，顏色龙亲，粗心陕凹，透明度都是可以改的。
再了解下所有可以改變的形狀的視覺效果：
linetype:?The type of line surrounding the node, e.g., continuous (linetype = 1 or dashed linetype = 2)
colour or color:?The color of the line surrounding the node (e.g., colour = "red" or colour = "blue")
fill:?The interior color of the node (e.g., colour = "red" or colour = "blue")
size:?The size of the line (e.g., size = 1 or size = 2)
alpha:?The transparency of the node (e.g., alpha = 1 or alpha = .2)
就是說節(jié)點的邊的類型鳄炉，顏色杜耙，填充，粗心拂盯，透明也都是可以改的佑女。
知道了上面的東西我們就可以根據(jù)路徑的顯著性進行路徑線條或者變量形狀特征的改變了，比如上面的驗證性因子分析模型谈竿，我就想把某一條路徑顏色改成紅色团驱，路徑線條改成虛線，透明度改成0.5空凸，我就可以寫出如下代碼：
edges(graph_data) %>%mutate(colour ="black") %>%mutate(colour = replace(colour, from =="visual"& to =="x2","red")) %>%mutate(linetype =1) %>%mutate(linetype = replace(linetype, from =="visual"& to =="x2",2)) %>%mutate(alpha =1) %>%mutate(alpha = replace(alpha, from =="visual"& to =="x2", .5))->edges(graph_data)plot(graph_data)
運行效果是這樣的嚎花，就是我把從"visual" to"x2"這個載荷弄成了透明度比較高的紅色虛線了：
還有，我還可以根據(jù)路徑系數(shù)的正負性將路徑顏色改變呀洲，比如我想要所有的正向路徑成綠色紊选，負向路徑成紅色，我可以寫出如下代碼：
prepare_graph(fit) %>%color_pos_edges("green") %>%color_neg_edges("red") %>%color_var("black") %>%alpha_var(.2) %>%plot()
因為我這個模型比較特殊道逗，全部是正向路徑兵罢，所以沒有紅色顯示，但是做法就是這樣哈滓窍。
小結(jié)
今天給大家寫了tidysem的基本操作卖词，感謝大家耐心看完，自己的文章都寫的很細贰您，代碼都在原文中坏平，希望大家都可以自己做一做，請轉(zhuǎn)發(fā)本文到朋友圈后私信回復(fù)“數(shù)據(jù)鏈接”獲取所有數(shù)據(jù)和本人收集的學(xué)習資料锦亦。如果對您有用請先收藏舶替，再點贊分享。
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