極快速度下載并使用TCGA數(shù)據(jù)

首先下載表達(dá)矩陣的最快方式就是赎婚,登陸網(wǎng)站:cBioPortal;cBioPortal for Cancer Genomics挣输;

第一步:點(diǎn)擊下圖紅色圈

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第二步:在紅圈處搜索你需要的癌癥類型,比如“l(fā)iver”

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第三步:按照自己需求撩嚼,點(diǎn)擊下載

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第四步:打開下載的數(shù)據(jù)

1 臨床樣本信息
2 表達(dá)矩陣(一般選用counts),第二個(gè)紅圈,使用R打開绢馍,進(jìn)行你想要的任何操作向瓷;


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此方法比一般從TCGA數(shù)據(jù)庫下載那些原始數(shù)據(jù)進(jìn)行操作更簡單舰涌,快速。

此番方法唯一的缺點(diǎn)就是下載不到正常對(duì)照組數(shù)據(jù)你稚,不過也沒關(guān)系TCGA的對(duì)照組數(shù)據(jù)樣本量很少瓷耙;最好的方法是取GTEx下載,下次講解具體辦法搁痛。

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