dn/ds又叫ka/ks偎痛，具體的概念，意義百度上都有〔嚷螅現(xiàn)主要介紹最近用到的三種計算途徑枚赡，分別是maga7，datamonkey谓谦，paml贫橙。
做選擇壓力分析的序列文件，需要先clustal和剔除終止密碼子反粥，這步可以在MAGA里完成卢肃。
1.MAGA7
MAGA7疲迂，是通過分別求取dn，ds的值莫湘，然后得到dn/ds尤蒿。
將fasta格式的序列文件導(dǎo)入MAGA, 然后選擇Distance——computer overall mean distance進入圖一頁面：仔細看下面的選項卡，在substitutions type 中選擇 Syn-Nonsynonymous逊脯；Genetic code table 按照自己的序列選擇优质；modle/method 選擇 Nei-Gojobori method (No. of Differences)；Substitutions to include 選擇要計算的dn或者ds军洼。下一步巩螃，就能得到dn或者ds，兩者相比得到結(jié)果匕争。
如果在distance——computer pairwise#####避乏，然后按照后面步驟操作，結(jié)果會得到一個兩兩比較的矩陣（三角）甘桑，我還不知道這個要怎么用拍皮。
如果只計算dn/ds，第一種應(yīng)該夠用了跑杭。
2.Datamonkey
官網(wǎng)：https://www.datamonkey.org/
三種方式铆帽，按照你的序列條件選擇其中一種。以FEL為例：
在method and tool 里選擇適合的方式德谅，如FEL爹橱，選擇文件導(dǎo)入sqe序列，選擇genetic code窄做。 RUN~ 選擇select all —— save branch selection 運行
得到結(jié)果后愧驱，前面兩行表示的是positive和negative的位點數(shù)，以及p值椭盏。向下滑组砚，最后的表格的左下角是dn/ds的結(jié)果。更多的結(jié)果都在這個結(jié)果頁面和export的annalyze log里掏颊。
3.PAML-codeml
楊子恒教授開發(fā)并免費提供的一個軟件糟红。paml現(xiàn)在已經(jīng)開發(fā)到4.9h版了，這是一個命令行軟件乌叶，現(xiàn)在已經(jīng)有圖形操作界面-pamlX改化，但是因為命令行操作起來很簡單，而且學(xué)會也不難枉昏，就沒有學(xué)習(xí)pamlX陈肛。
paml官網(wǎng)：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html#PAMLx
參照官網(wǎng)信息可以完成下載，安裝和運行示例文件兄裂。示例文件在下載的paml4.9h的example文件夾里句旱。這里需要注意阳藻，可以將所有的’.exe‘文件和codeml.ctl (控制文件)復(fù)制到paml 的bin的文件夾里。方便運行谈撒，減少出錯腥泥。
按照要求準(zhǔn)備序列文件和樹文件（樹文件可以直接用maga做），有提示序列文件需要 .phy或者.paml格式啃匿，但是實踐證明用.fasta格式也可以（注意文件名中不能有空格）蛔外。
windows系統(tǒng)打開cmd：win+R，輸入cmd溯乒，回車
輸入paml4.9h所在的盤夹厌，如：d: ，回車
輸入cd裆悄， cd的命令查詢文件矛纹，
輸入bin文件夾所在位置，回車光稼，>后 需要輸入運行的程序codemL
回車就是運行的結(jié)果或南。
windows不區(qū)別大小寫，都可以艾君。
下面是codeml.ctl文件的設(shè)置
seqfile =aa.fas * sequence data filename
?treefile =aa.nwk? ? ? * tree structure file name
?outfile = aa.txt? ? ? ? ? * main result file name
? ? ? ? noisy = 3? * 0,1,2,3,9: how much rubbish on the screen
? ? ? verbose = 0? * 0: concise; 1: detailed, 2: too much
? ? ? runmode = 0? * 0: user tree;? 1: semi-automatic;? 2: automatic
? ? ? ? ? ? ? ? ? * 3: StepwiseAddition; (4,5):PerturbationNNI; -2: pairwise
? ? ? seqtype = 1? * 1:codons; 2:AAs; 3:codons-->AAs
? ? CodonFreq = 2? * 0:1/61 each, 1:F1X4, 2:F3X4, 3:codon table
*? ? ? ? ndata = 10
? ? ? ? clock = 0? * 0:no clock, 1:clock; 2:local clock; 3:CombinedAnalysis
? ? ? aaDist = 0? * 0:equal, +:geometric; -:linear, 1-6:G1974,Miyata,c,p,v,a
? aaRatefile = dat/jones.dat? * only used for aa seqs with model=empirical(_F)
? ? ? ? ? ? ? ? ? * dayhoff.dat, jones.dat, wag.dat, mtmam.dat, or your own
? ? ? ? model = 0? 【這個是branch/branch-site/site的選項采够，site選擇0，具體區(qū)別可另外檢索】
? ? ? ? ? ? ? ? ? * models for codons:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? * 0:one, 1:b, 2:2 or more dN/dS ratios for branches
? ? ? ? ? ? ? ? ? * models for AAs or codon-translated AAs:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? * 0:poisson, 1:proportional, 2:Empirical, 3:Empirical+F
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? * 6:FromCodon, 7:AAClasses, 8:REVaa_0, 9:REVaa(nr=189)
? ? ? NSsites = 0? 1? 2 3 7 8? 【下面附上的結(jié)果解讀鏈接里有區(qū)別冰垄，其中包含零假設(shè)和替代假設(shè)】* 0:one w;1:neutral;2:selection; 3:discrete;4:freqs;
? ? ? ? ? ? ? ? ? * 5:gamma;6:2gamma;7:beta;8:beta&w;9:betaγ
? ? ? ? ? ? ? ? ? * 10:beta&gamma+1; 11:beta&normal>1; 12:0&2normal>1;
? ? ? ? ? ? ? ? ? * 13:3normal>0
? ? ? ? icode = 1? 【根據(jù)密碼子選擇】* 0:universal code; 1:mammalian mt; 2-10:see below
? ? ? ? Mgene = 0
? ? ? ? ? ? ? ? ? * codon: 0:rates, 1:separate; 2:diff pi, 3:diff kapa, 4:all diff
? ? ? ? ? ? ? ? ? * AA: 0:rates, 1:separate
? ? fix_kappa = 0? * 1: kappa fixed, 0: kappa to be estimated
? ? ? ? kappa = 2? * initial or fixed kappa
? ? fix_omega = 0? * 1: omega or omega_1 fixed, 0: estimate
? ? ? ? omega = .4 * initial or fixed omega, for codons or codon-based AAs
? ? fix_alpha = 1? * 0: estimate gamma shape parameter; 1: fix it at alpha
? ? ? ? alpha = 0. * initial or fixed alpha, 0:infinity (constant rate)
? ? ? Malpha = 0? * different alphas for genes
? ? ? ? ncatG = 8? * # of categories in dG of NSsites models
? ? ? ? getSE = 0? * 0: don't want them, 1: want S.E.s of estimates
RateAncestor = 1? * (0,1,2): rates (alpha>0) or ancestral states (1 or 2)
? Small_Diff = .5e-6
? ? cleandata = 1? * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?
*? fix_blength = 0? * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed, 3: proportional
? ? ? method = 0? * Optimization method 0: simultaneous; 1: one branch a time
* Genetic codes: 0:universal, 1:mammalian mt., 2:yeast mt., 3:mold mt.,
* 4: invertebrate mt., 5: ciliate nuclear, 6: echinoderm mt.,
* 7: euplotid mt., 8: alternative yeast nu. 9: ascidian mt.,
* 10: blepharisma nu.
* These codes correspond to transl_table 1 to 11 of GENEBANK.
ps：教程：http://www.reibang.com/u/214b3ff96d82
B站視頻教程：https://www.bilibili.com/video/av10469605 from=search&seid=4867078036525249250
如何解讀結(jié)果：http://blog.sina.com.cn/s/blog_65ba09d90102x4ua.html
ps：我覺得視頻教程里up主說做的是branch蹬癌，然后取model=0是零假設(shè)，與我理解的有出入播演，我以為model=0是site冀瓦，NSsite可以決定那個是零假設(shè)那個是替代假設(shè)伴奥。
另外写烤，在對結(jié)果解讀的過程中，很多文章都提到M1a拾徙，M2a洲炊，但是NSsite里沒有M1a，M2a尼啡，只有M1, M2, 不解暂衡。
視頻UP主是branch test ，另一種計算模型崖瞭，并非兩者有錯誤狂巢。
所有內(nèi)容不保證正確，有錯就改书聚。
建議忽略NEB的輸出唧领，選用BEB的輸出藻雌，BEB只在正向選擇的M2/M8中存在。
