TASSEL的官方網(wǎng)站：https://tassel.bitbucket.io/
在TASSEL的下載文件夾中...\TASSEL5\TutorialData有示例數(shù)據(jù) 用此數(shù)據(jù)進行演示
依次為基因型數(shù)據(jù)葡公、親緣關(guān)系骂铁、表現(xiàn)型數(shù)據(jù)（這里面包含了分群虫啥、表型性狀工三、群體結(jié)構(gòu)）、群體結(jié)構(gòu)铐懊、表型性狀叫潦。
實際只用到基因型數(shù)據(jù)弟断、群體結(jié)構(gòu)、和表型性狀龄恋。TASSEL是可以通過基因型數(shù)據(jù)計算親緣關(guān)系的疙驾。
一、加載數(shù)據(jù)
點擊File → Open
將基因型數(shù)據(jù)篙挽、群體結(jié)構(gòu)和表型性狀導入進來荆萤。（mdp_genotype.hmp、mdp_phenotype铣卡、mdp_traits這三個文件）
二链韭、計算親緣關(guān)系
對基因型文件進行過濾
選擇基因型數(shù)據(jù) 點擊Filter → Sites
進行設置 → 點擊Filter
（此處的標準都是按照TASSEL指導手冊中進行設置的）
點擊Analysis → Relatedness → Kinship
點擊OK
就得到了親緣關(guān)系的矩陣
三、關(guān)聯(lián)分析（一般線性模型）
對基因型文件進行過濾
注意：這里用到的是上一步進行親緣關(guān)系分析時過濾后的文件
在此文件的基礎上再次進行過濾 點擊Filter → Sites
設置過濾條件 點擊Filter
得到過濾后的基因型數(shù)據(jù)
選擇性狀數(shù)據(jù) 點擊Filter → Traits
選擇其中一個性狀煮落，點擊OK
得到其中一個表型數(shù)據(jù)
選擇群體結(jié)構(gòu) 點擊Filter → Traits
將最后一個群體結(jié)構(gòu)（Q3）去掉敞峭，指導手冊中給出的解釋是“如果我們把它們?nèi)孔鳛閰f(xié)變量使用，這會產(chǎn)生線性相依性”蝉仇。
得到過濾后的群體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)
摁住Ctrl鍵同時選中上述三個文件進行合并 點擊Data → Intersect Join
得到合并后的數(shù)據(jù)集
選中合并后的數(shù)據(jù)集 點擊Analysis → Association → GLM
點擊OK
其中Help選項中有該頁面參數(shù)的解釋和默認值旋讹，還可以點擊User Manual查看更詳細的內(nèi)容。
得到最終結(jié)果文件
數(shù)據(jù)可視化
點擊Results → QQ Plot/Manhattan Plot
四轿衔、關(guān)聯(lián)分析（混合線性模型）
混合線性模型即將群體結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系作為協(xié)變量來進行分析
摁住Ctrl鍵同時選中上述提到的一般線性模型中合并后的數(shù)據(jù)集和親緣關(guān)系矩陣
點擊Analysis → Association → MLM
進行設置 點擊RUN → 點擊 OK
得到最終結(jié)果文件
數(shù)據(jù)可視化
點擊Results → QQ Plot/Manhattan Plot
實際上關(guān)聯(lián)分析輸出的結(jié)果中只有Trait沉迹、Marker、Chr害驹、Pos鞭呕、p值是用到比較多的，Q-Qplot和曼哈頓圖也是基于此幾個值進行繪制的宛官，我們可以將這幾列提取出來在R語言中進行繪圖葫松。
參考：
https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual
Tassel5UserGuide
