在Mac 和windows上用 Aspera Connect下載NCBI Sra數(shù)據(jù)

做生信分析在NCBI上下數(shù)據(jù)是第一步煎楣,不一定非要用linux下,裝好sratools和Aspera Connect和都沒問題以现。
在這里NCBI SRA Toolkit找屬于你版本的sratools吧狠怨。
在這里Aspera Connect找屬于你版本的的ascp客戶端
如果下載太慢,可以私信我邑遏,我給你網(wǎng)盤鏈接佣赖。

用sratools的prefetch 命令是最快的。
基本用法都是

需要告訴prefetch记盒,ascp的程序在哪里憎蛤,私鑰在哪里,要下的清單是什么,下好的文件放那里
prefetch -t ascp -a "path/to/ascp|path/to/asperaweb_id_dsa.openssh"  --option-file /path/to/SRR_Acc_List.txt -O /path/to/opt

例如俩檬,我的Windows系統(tǒng)萎胰,我的sratools,放在I盤 棚辽,我直接用CMD技竟,轉(zhuǎn)到 prefetch所在的目錄下

#程序路徑
C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp 
#私鑰路徑
C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh
#文件清單
I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\sra\SRR_Acc_List.txt
#儲存位置
I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\opt
這樣命令就如下:
prefetch.exe -t ascp -a "C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp|C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\sra\SRR_Acc_List.txt -O I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\opt

Mac下面也一樣,安裝的位置有一些差異屈藐。首先安裝好sratools榔组,和 Aspera Connect。

#程序與私鑰路徑
~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp/Contents/Resources/
#文件清單
/path/to/SraAccList.txt 
#儲存位置
 /path/to/opt
prefetch -t ascp -a "~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp/Contents/Resources/ascp|~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file /path/to/SraAccList.txt -O  /path/to/opt

另外联逻,sratools近期升級搓扯,會導(dǎo)致以上命令失效,裝 2.9.6吧包归。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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