介紹

• 開(kāi)源包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng) 宙址，包括多種語(yǔ)言的包安裝盯孙，運(yùn)行，更新券勺，刪除檀蹋，最重要的是可以解決包依賴問(wèn)題

• 支持語(yǔ)言包括 Python松申，R，Ruby俯逾，Lua贸桶，Scala桌肴，Java皇筛，JavaScript坠七，C / C ++，F(xiàn)ORTRAN

• 支持在Windows彪置，macOS和Linux上運(yùn)行

• Conda可以構(gòu)建不同的環(huán)境离例，同時(shí)可以對(duì)環(huán)境進(jìn)行保存，加載和切換操作

• conda包和環(huán)境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中

安裝

• 下載 (Linux 64位系統(tǒng)為例)

  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

  下載地址：https://conda.io/en/latest/miniconda.html

  清華鏡像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

• 安裝

  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 配置環(huán)境

  • 查看是否安裝成功,如果安裝沒(méi)問(wèn)題會(huì)顯示conda版本號(hào)

    conda --version

  • 新建環(huán)境

    conda create --name your_env_name

    your_env_name是環(huán)境名稱宫蛆，對(duì)環(huán)境的操作后面會(huì)詳述

  • 激活環(huán)境

    conda activate

  • 添加channels （相當(dāng)于R的鏡像源）

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    conda config --set show_channel_urls yes

    國(guó)內(nèi)鏡像推薦：

    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

    https://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html

使用

文檔：https://conda.io/en/latest/

包管理功能

• 搜索包

  • 查看特定包

    conda search fastqc

• 安裝包

  • 安裝特定包（需要確認(rèn)安裝的猛，可以看到conda已經(jīng)將包依賴問(wèn)題耀盗，環(huán)境問(wèn)題已經(jīng)解決）

    conda install fastqc

    image

  • 安裝特定版本的軟件包（查看軟件版本可以使用conda search fastqc）

    conda install fastqc=0.11.6

    image

  • 安裝多個(gè)包

    conda install fastqc multiqc

• 包更新

  • 更新特定包

    conda update fastqc

  • 更新Python

    conda update python

  • 更新conda本身及Anaconda元數(shù)據(jù)包

    conda update conda

    conda update anaconda

  • 防止包更新

    conda update fastqc --no-pin

    在環(huán)境的conda-meta目錄中，添加一個(gè)名為pinned的文件卦尊，其中包含您不想更新的軟件包列表。

• 包刪除

  • 刪除當(dāng)前環(huán)境中的包

    conda remove pkg_name

  • 刪除特定環(huán)境中的包

    conda remove -n env_name pkg_name

  • 刪除多個(gè)包

    conda remove pkg_name1 pkg_name2

  • 確認(rèn)刪除的包

    conda list

• 包列表

  • 當(dāng)前環(huán)境所有包

    conda list

  • 特定環(huán)境所有包

    conda list -n env_name

環(huán)境管理功能

• 創(chuàng)建環(huán)境

  • 創(chuàng)建特定名字的環(huán)境

    conda create -n env_name

  • 使用特定版本的Python創(chuàng)建環(huán)境

    conda create -n env_name python=3.4

  • 使用特定包創(chuàng)建環(huán)境

    conda create -n env_name pandas

  • 用 environment.yml 配置文件創(chuàng)建環(huán)境

    conda env create -f nvironment.yml

    environment.yml 文件：

    <pre class="md-fences md-end-block" lang="" contenteditable="false" cid="n211" mdtype="fences" style="box-sizing: border-box; overflow: visible; font-family: Consolas, "Liberation Mono", Courier, monospace; font-size: 0.9em; white-space: pre; text-align: left; break-inside: avoid; display: block; background-image: inherit; background-position: inherit; background-size: inherit; background-repeat: inherit; background-attachment: inherit; background-origin: inherit; background-clip: inherit; background-color: rgb(248, 248, 248); position: relative !important; border: 1px solid rgb(221, 221, 221); border-radius: 3px; padding: 8px 1em 6px; margin-bottom: 0px; margin-top: 15px; width: inherit;">name: stats2
    channels:

    • javascript
      dependencies:
    • python=3.4 # or 2.7
    • bokeh=0.9.2
    • numpy=1.9.*
    • nodejs=0.10.*
    • flask
    • pip:
    • Flask-Testing</pre>

• 導(dǎo)出環(huán)境文件environment

  • 導(dǎo)出environment.yml環(huán)境文件

    • 激活需要導(dǎo)出文件的環(huán)境

      conda activate env_name

    • 導(dǎo)出

      conda env_name export > environment.yml

• 激活環(huán)境

  conda activate env_name

• 停用環(huán)境

  conda deactivate env_name

• 查看環(huán)境（當(dāng)前環(huán)境用*表示）

  conda info -envs

  image

• 刪除環(huán)境

  conda remove --n env_name

• 構(gòu)建相同的conda環(huán)境（不同機(jī)器間的環(huán)境復(fù)制）

  • 激活需要導(dǎo)出配置文件的環(huán)境

    conda list --explicit > files.txt

  • 在同系統(tǒng)的不同機(jī)器執(zhí)行

    conda create --name env_name -f files.txt

• 克隆環(huán)境（同一臺(tái)機(jī)器的環(huán)境復(fù)制

  conda create --name clone_env_name --clone env_name

渠道管理

• 添加新渠道到頂部，最高優(yōu)先級(jí)

  conda config --add channels new_channel

  或者conda config --prepend channels new_channel

• 添加新渠道到底部署浩，最低優(yōu)先級(jí)

  conda config --append channels new_channel

實(shí)例

創(chuàng)建不同版本的Python環(huán)境

• Python 3.6 的 Anaconda 環(huán)境

  conda create -n py36 python=3.6 anaconda

• Python 2.7 的 Anaconda 環(huán)境

  conda create -n py27 python=2.7 anaconda