更新基礎(chǔ)conda篙梢，新版本conda使用起來更快
conda update -n base -c defaults conda
conda update r-base
Conda默認(rèn)的源訪問速度有些慢，可以增加國(guó)內(nèi)的源；另外還可以增加幾個(gè)源信不，以便于安裝更多的軟件陷猫，尤其是bioconda安裝生信類工具祠乃。conda-forge通道是Conda社區(qū)維護(hù)的包含很多不在默認(rèn)通道里面的通用型軟件缴渊。r通道是向后兼容性通道，尤其是使用R3.3.1版本時(shí)會(huì)用到炊甲。
清華鏡像具體見https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ (有時(shí)清華鏡像也不穩(wěn)定盯仪，不穩(wěn)定時(shí)直接用官方鏡像，早上下載速度還是好的)蜜葱。
conda config --add channels r # Optional # Lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# Anocanda清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
# 清華通道, 最高優(yōu)先級(jí)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
注意通道的順序是會(huì)影響solving environment和軟件包下載的速度的全景。
# 顯示已有的通道
conda config --get channels
- 創(chuàng)建R環(huán)境 Reference1
# Create a new conda environment called r,并且在里面安裝anaconda
conda create -n r anaconda
# Switch to r environment
source activate r
# 在新環(huán)境里面安裝R Installs R
conda install -c r r
# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel
# Install ggplot
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot
# 最后退出新環(huán)境
source deactivate r
列出所有的環(huán)境
conda env list
# conda environments:
#
/anaconda2
/anaconda2/envs/lefse
/anaconda2/envs/metagenome_env
/anaconda2/envs/metawrap
/anaconda2/envs/prokka_env
/anaconda2/envs/py3
/anaconda2/envs/r-environment
/anaconda2/envs/reseq
/anaconda2/envs/sourmash_env
/anaconda3/envs/qiime2-2020.6
2.4.5 移除某個(gè)conda環(huán)境
如果環(huán)境不需要了，或出了錯(cuò)牵囤，則可以移除爸黄。比如需要移除phylo環(huán)境，執(zhí)行conda remove -n phylo --all揭鳞。
2.4.6 Conda配置R
在添加了不同的源之后炕贵，有些源更新快，有些更新慢野崇，經(jīng)常會(huì)碰到版本不一的問題称开。而且軟件版本的優(yōu)先級(jí)，低于源的優(yōu)先級(jí)乓梨。保險(xiǎn)期間鳖轰，先做下搜索，獲得合適的版本號(hào)扶镀，然后再選擇安裝蕴侣。
conda search r-essentials
r-essentials 1.0 r3.2.1_0 r
1.0 r3.2.1_0a r
1.1 r3.2.1_0 r
1.1 r3.2.2_0 r
1.1 r3.2.1_0a r
1.1 r3.2.2_0a r
1.1 r3.2.2_1 r
1.1 r3.2.2_1a r
1.4 0 r
1.4.1 r3.3.1_0 r
1.4.2 0 r
1.4.2 r3.3.1_0 r
1.4.3 r3.3.1_0 r
1.5.0 0 r
1.5.1 0 r
1.5.2 r3.3.2_0 r
1.5.2 r3.4.1_0 r
1.6.0 r3.4.1_0 r
1.0 r3.2.1_0 defaults
1.0 r3.2.1_0a defaults
1.1 r3.2.1_0 defaults
1.1 r3.2.2_0 defaults
1.1 r3.2.1_0a defaults
1.1 r3.2.2_0a defaults
1.1 r3.2.2_1 defaults
1.1 r3.2.2_1a defaults
1.4 0 defaults
1.4.1 r3.3.1_0 defaults
1.4.2 0 defaults
1.4.2 r3.3.1_0 defaults
1.4.3 r3.3.1_0 defaults
1.5.0 0 defaults
1.5.1 0 defaults
1.5.2 r3.3.2_0 defaults
1.5.2 r3.4.1_0 defaults
1.6.0 r3.4.1_0 defaults
1.5.2 r3.3.2_0 conda-forge
1.5.2 r3.3.2_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
從上面可以看到清華的源版本同步于conda-forge, 都比較老，還是指定r通道安裝臭觉。
conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0
R會(huì)安裝于conda_path/envs/r/bin中昆雀，軟鏈到位于環(huán)境變量的目錄中即可正常使用。這就是環(huán)境變量的活學(xué)活用蝠筑。
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關(guān)于C語言學(xué)習(xí)書籍狞膘，最最權(quán)威的當(dāng)然是C語言的發(fā)明者Dennis M. Ritchie所著的《The C Programming Language》（它也有中文版的），除此之外《C Primer Plus》也很系統(tǒng)全面什乙。
關(guān)于C++的學(xué)習(xí)書籍挽封，最權(quán)威的當(dāng)屬C++的發(fā)明者Bjarne Stroustrup大佬所著的《The C++ Programming Language》，但是很明顯這本書不適合初學(xué)者稳强，更加適合的還得是《C++ Primer》场仲，也很系統(tǒng)全面和悦。至于再深入可以繼續(xù)閱讀諸如《Effective C++》退疫、《STL源碼剖析》渠缕、《深度探索C++對(duì)象模型》等書籍。
