JCVI是利用Python編寫的她君，能用于基因組組裝脚作、注釋和比較基因組學(xué)分析。之前寫過幾篇介紹它的使用缔刹，這篇單獨介紹它的安裝鳖枕。此外魄梯，雖然JCVI最早是由Python2編寫，但是目前基本上已經(jīng)遷移到Python3宾符。
先提供最簡單的conda安裝方法酿秸，也就是conda create -c bioconda -n jcvi jcvi, 新建一個JCVI環(huán)境用于安裝JCVI，之后通過conda activate jcvi的方式啟動JCVI環(huán)境魏烫。下面介紹如何手動安裝JCVI
后續(xù)的所有安裝都會建立在沒有root權(quán)限辣苏，以普通用戶進行安裝的前提下。因此哄褒，請在環(huán)境變量PATH中加入~/.loca/bin,之后的軟件都會自動地安裝在這個目錄下稀蟋。
首先，讓我們安裝一個Python3.5.6(這是一個我個人比較喜歡Python版本)
wget https://www.python.org/ftp/python/3.5.6/Python-3.5.6.tgz
tar xf Python-3.5.6.tgz
cd Python-3.5.6
./configure --prefix=$HOME/.local
make -j 20 && make install
然后安裝pip
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python3 get-pip.py
如果pip安裝失敗呐赡，參考如何解決pip安裝時出現(xiàn)的ssl certificate報錯
接著退客，JCVI既可以從PyPI上下載，也可以在GitHub上安裝链嘀，兩種區(qū)別在于GitHub上相對比較新萌狂，而PyPI則是在軟件相對穩(wěn)定后才會發(fā)布。無論是哪種方式怀泊，都可以直接用pip install安裝茫藏，
# from pypi
pip2 install --user jcvi
# from github
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip2 install --user ./jcvi
最后，還需要至少安裝如下三個工具
此外不同組件還有不同的需求霹琼，例如annotation模塊還需要安裝maker等务傲。
