gwas分析時(shí)數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換

排序

從vcf文件排序開始，可以使用picard谍珊，也可以使用vcftools 的vcf-sort

vcf轉(zhuǎn)換為ped和map文件

將vcf文件轉(zhuǎn)化為plink識(shí)別的格式也是借助vcftools工具:
vcftools --vcf file.vcf --plink --out file_prefix

將 plink文件進(jìn)行排序爹梁，而且還可以將bed二進(jìn)制文件轉(zhuǎn)化為ped格式
plink --bfile AA --recode --out BB

得到hmp文件

將ped\map文件轉(zhuǎn)化為hmp格式的文件：
run_pipeline.pl -fork1 -plink -ped plink_sort.ped -map plink_sort.map -export test -exportType Hapmap -runfork1

參考：
GWAS分析中的格式轉(zhuǎn)化vcf-ped-hmp
Tassel_Pipeline_Tutorial20160330.pdf
Tassel5PipelineCLI.pdf
Tassel學(xué)習(xí)筆記

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
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