stringtie官網(wǎng)提供了prepDE.py文件糕韧，用于提取表達(dá)矩陣gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv.
通過修改prepDE.py的部分代碼砌左，可以用同樣的方法提取fpkm和tpm目木。
如果懶得看代碼、改代碼个绍，可以直接下載我修改好的呻畸。
鏈接：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1Hfo0l43pxuA8fr7dpSJyMA
提取碼：1qaz
用法如下
參考
RNA-Seq數(shù)據(jù)分析：cutadapt+hisat2+stringtie+deseq2
精簡代碼處理RNA_seq數(shù)據(jù)
進(jìn)入ballgown文件夾（由stringtie生成防嗡，包含所有樣本），將prepDE.py/getFPKM.py/getTPM.py腳本拷貝至當(dāng)前文件夾淮逊，
cp /……/prepDE.py ./
使用python命令直接運(yùn)行腳本催首，注意需要使用python2
python prepDE.py
輸出結(jié)果分別為：
gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv
gene_fpkm_matrix.csv和transcript_fpkm_matrix.csv
gene_tpm_matrix.csv 和 transcript_tpm_matrix.csv
注：ballgown文件夾中除了stringtie輸出的文件夾，不能包含其他文件夾泄鹏，否則會報(bào)錯(cuò)郎任。
