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vcftools去除或保留vcf文件中的樣品
vcftools可以去除或保留vcf文件中的樣品，用到的選項(xiàng)為--indv 和?--remove-indv??苦酱，指定要從vcf文件中保留或刪除的樣品饿幅。 可以多次使用此選項(xiàng)來指定多個(gè)樣品。
具體用法如下：
下圖為原始vcf文件塌计。
只保留1和10號(hào)兩個(gè)樣品弄捕，執(zhí)行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--indv ?1--indv ?10 ?> out.vcf
刪除1號(hào)樣品韵丑，執(zhí)行以下代碼：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--remove-indv ?1?> out.vcf
如果樣品較多爵卒，也可將樣品保存到文件 id.txt 中，每行為一個(gè)樣品ID撵彻，格式如下：
1
105
然后使用下面兩個(gè)選項(xiàng)對(duì)vcf文件保留或者刪除樣品钓株。
--keep?<filename>? ?保留樣品
--remove
?<filename> ??刪除樣品
代碼如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ?--keep id.txt ? > out.vcf
