很巧在簡書看到有人在推一個比較好用的繪制基因結(jié)構(gòu)進化樹組合的可視化軟件,不需要任何代碼始腾,看著出的圖片都非常精美州刽,所以下載來推薦給小伙伴。這個軟件相當于GSDS的本地版http://gsds.gao-lab.org/index.php也能繪制進化樹圖浪箭,Motif圖穗椅,結(jié)構(gòu)域圖,啟動子圖奶栖, BED文件 等多種圖表的繪制和組合繪制房待,但是使用起來非常方便,出的圖片比GSDS漂亮許多驼抹,可以直接用于SCI論文中桑孩。
開發(fā)了一個繪制基因結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的工具(CFVisual)。CFVisual可以將系統(tǒng)發(fā)育樹框冀、基因結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)繪制在一張圖中流椒,并具有豐富的交互功能,可以滿足研究人員的工作需求明也。此外宣虾,它還支持上述分析圖像的任意拼接。它已成為基因家族分析的得力助手温数。CFVisual包是用Python實現(xiàn)的绣硝,可以從https://github.com/ChenHuilong1223/CFVisual/免費獲得。
電腦版下載地址:https://github.com/ChenHuilong1223/CFVisual/releases/tag/2.1.5
如何使用
上面介紹了如何下載撑刺,那具體軟件怎么使用呢鹉胖?
直接使用文中自帶的示例文件進行演示:
點擊開始即可:
如果對顏色,圖形不滿意可以進行編輯,進行Redraw就行
修改后得到的
同時為了為了方便寫論文時描述外顯子-內(nèi)含子的長度和數(shù)量等信息甫菠,這是很多小伙伴關(guān)心的一個問題挠铲,點擊Statistics按鈕即可。
具體的使用方法
可以參考下載參考說明寂诱,寫的非常清楚拂苹,作者還是非常用心的,能把一個軟件功能寫的那么的詳細痰洒,感謝瓢棒!
顏色的問題
CFVisual可以 識別 的 交互 格式 文件:從 左 到 右 的 列 分別 表示 為:基因 名 、 形狀 符號丘喻、 形狀 尺寸脯宿、 形狀 填充 顏色 和 形狀 輪廓 顏色。其中仓犬, 形狀 符號 理解 如圖 40 顏色 參數(shù) 支持 常用 的 8個 表示 顏色 的 單詞 或 簡寫 圖 41 和 十六 進制 的 顏色 編碼 字符 串 圖 42這里 作者 推薦 菜鳥 工具 中 的 一個 板塊 https://c.runoob.com/front-end/55 因 為 不僅 支持 顏色 查找嗅绰, 也 支持 RGB格式 和 十六 進制 顏色 編碼 字符 串 的 相互 轉(zhuǎn)換 值得 收藏
圖像的問題
樹圖 分類 控制 文件 的 格式 如下 圖從 左 到 右 的 列 分別 表示 為:分類 區(qū)域 上端 或下端 的 基因名 舍肠、 分類 區(qū)域 下端 或 上端 對應(yīng) 的 基因 名 搀继、 顏色 和 分 類 的 標簽 。注意:每一行 對應(yīng) 一個 分類 區(qū)域 第四 列 可以 不提供翠语。
功能強大實用
用戶 充分 利用 CFVisual的 樹圖 分類 功能叽躯, 真的 可以 不用 再 用 Ps或 Ai等 修圖 工具 去 修飾 了。然后肌括, 作者 展示 兩張 樣圖 以供參考点骑,希望大家多多學(xué)習(xí),軟件真的非常nice好用谍夭。
今天就先給大家介紹到這里黑滴,希望大家的科研能有所幫助!祝您科研順利快樂紧索!
生信漫談
生信漫談袁辈,認識生信,學(xué)習(xí)生信珠漂,跨越生信入門路上的障礙晚缩,從而利用生信技術(shù)解決科研學(xué)習(xí)路上的絆腳石!