KEGG Glycan 數(shù)據(jù)庫(kù)

復(fù)合糖作為糖類(lèi)與蛋白質(zhì)或者脂質(zhì)結(jié)合的產(chǎn)物 拉讯,在生物中分布廣泛竿拆,具有重要的功能。GLYCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的復(fù)合糖的信息笨触,主要是結(jié)構(gòu)信息懦傍。每條記錄用G number 標(biāo)識(shí),比如 G00197芦劣。

對(duì)于復(fù)合糖而言粗俱,搞清楚其結(jié)構(gòu)只是最基礎(chǔ)的研究,我們更加關(guān)注其在生命活動(dòng)中的意義虚吟。kegg 將復(fù)合糖相關(guān)的基因寸认,代謝途徑, 疾病等信息關(guān)聯(lián)在一起,通過(guò)pathway的形式進(jìn)行展示串慰。 在pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中偏塞,有1個(gè)類(lèi)別,專(zhuān)門(mén)用于描述復(fù)合糖的代謝通路信息邦鲫,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli灸叼,見(jiàn)下圖

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在這些pathway 中,主要展示的信息是復(fù)合糖的代謝途徑,與基因的相互作用等信息古今,有部分圖中還包含了復(fù)合糖對(duì)應(yīng)的生物合成途徑慎冤,或者降解途徑,這部分信息成為 structure map沧卢。比如 map00510蚁堤, 可以分成以下兩部分:

  1. 代謝通路
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  1. structure map
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對(duì)于復(fù)合糖在癌癥中的作用,專(zhuān)門(mén)有1個(gè)pathway 來(lái)記錄這些信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205

糖基轉(zhuǎn)移酶催化糖類(lèi)與蛋白但狭,脂質(zhì)等物質(zhì)的結(jié)合披诗。
有關(guān)糖基轉(zhuǎn)移酶的信息,在KO 數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行了存儲(chǔ)立磁,比如下圖呈队,不僅給出了對(duì)應(yīng)的基因,還給出了對(duì)應(yīng)的enzyme EC 編號(hào)唱歧, CAzy 數(shù)據(jù)庫(kù)的信息宪摧,而且還給出了參與的pathway 信息。

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對(duì)于所有收錄的糖基轉(zhuǎn)移酶的分類(lèi)颅崩,對(duì)應(yīng) brite 數(shù)據(jù)庫(kù)中的鏈接如下

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg

總結(jié)

  1. Glycan 數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了糖類(lèi)物質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息几于,并給出了糖類(lèi)參數(shù)的各種代謝通路。

  2. 糖基轉(zhuǎn)移酶沿后,催化糖類(lèi)與蛋白質(zhì)沿彭,脂質(zhì)等的結(jié)合,在KO數(shù)據(jù)庫(kù)中給出了對(duì)應(yīng)的信息尖滚。

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