[TOC]
安裝環(huán)境
Ubuntu18.10
SPAdes 3.13.0
System information:
SPAdes version: 3.13.0
Python version: 2.7.15
OS: Linux-4.18.0-12-generic-x86_64-with-Ubuntu-18.10-cosmic
安裝
http://cab.spbu.ru/software/spades/
在官網(wǎng)可以下載binaries文件
解壓后進(jìn)入文件夾可以直接運(yùn)行
試用
<spades installation dir>/spades.py --test
上面的代碼可以試驗(yàn)
To run SPAdes from the command line, type
spades.py [options] -o <output_dir>
上面的代碼可以運(yùn)行整個(gè)assembly 的流程际看。
還有
spades-bwa
spades-core
spades-corrector-core
spades-gbuilder
spades-hammer
spades-ionhammer
spades-kmercount
spades-truseq-scfcorrection
等局部的流程疏哗。
