1. 寫在前面

• 1 年前看技能樹在簡書的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程挽唉，當時還很懵懂，以為每一步只有一個工具，現(xiàn)在通過技能樹剛發(fā)在 b 站的視頻再次學習 ATAC-seq 分析流程严拒，感覺眼界更開闊了莹痢，同時看視頻總是能偷學到很多 Jimmy 老師的小技巧航瞭，簡直血賺长窄。
• 視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1C7411C7ez
• 總的一些標準在：https://www.encodeproject.org/atac-seq/
• 涉及的名詞解釋：https://www.encodeproject.org/data-standards/terms/

2. replicates

• 2 個及以上生物學重復
• 對于無法做生物學重復的樣本至少 2 技術(shù)重復

3. 總 reads 數(shù)

• 單端 25 百萬
• 雙端 50 百萬
• 去重翰舌、去線粒體

4. 比對率

• > 95%只冻，可以低至 80%

5. IDR 計算重復情況

• 全稱為 Irreproducible Discovery Rate
• 標準：both rescue and self consistency ratios are less than 2
• 目前沒需求，先碼一下教程：http://www.reibang.com/p/d8a7056b4294

6. 文庫復雜度

• 兩個指標
  • Non-Redundant Fraction (NRF) > 0.9
  • PCR Bottlenecking Coefficients 1 and 2, PBC1 > 0.9, PBC2 > 3
• 保姆教程中有：https://doi.org/10.1186/s13072-020-00342-y

7. peak 數(shù)量

• The number of peaks within a replicated peak file should be >150,000, though values >100,000 may be acceptable.
• The number of peaks within an IDR peak file should be >70,000, though values >50,000 may be acceptable.

8. nucleosome free region (NFR)

• 目前沒有找到教程萌衬，待補充

9. 插入片段長度統(tǒng)計（單核小體峰）

• 標準：在 147bp 以上饮醇，147*2bp 以下處有峰
• 首先從 bam 文件中抓取插入片段長度信息

cd align/
samtools view WT.last.bam|cut -f9>wt_insert_length.txt

• 然后讀入 R 畫 hist 圖即可

a=read.table("wt_insert_length.txt")
hist(abs(a[,1])))

• 數(shù)據(jù)質(zhì)量不佳，200bp 的峰不夠顯著

10. 計算 FRiP 值

• 全稱 Fraction of reads in peaks秕豫，即位于 peak 坐標范圍內(nèi)的 reads 占總 reads 的比例
• 標準：FRiP >0.3朴艰，可以低至 0.2
• 通過 shell 腳本計算

cd callpeaks/
ls *narrowPeak|while read id;
do
echo $id
bed=../bed/$(basename $id "_peaks.narrowPeak").bed
ls -lh $bed
# a中哪些在b中
ReadsinPeaks=$(bedtools intersect -a $bed -b $id|wc -l|awk '{print $1}')
totalReads=$(wc -l $bed|awk '{print $1}')
echo $ReadsinPeaks $totalReads
echo 'FRiP:' $(bc <<< "scale=2;100*$ReadsinPeaks/$totalReads")'%'
done

• 輸出
  • 3391770 25099448 FRiP: 13.51%
  • 7779551 30565190 FRiP: 25.45%
• 視頻中 Jimmy 老師認為應該使用去重和去線粒體之前的 bam 轉(zhuǎn)出來的 bed 來計算 FRiP，這個有待進一步考證

11. TSS 富集程度

• 在衡量背景噪音水平上比 FRiP 更關鍵
• 標準：
• 教程待補充

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