2020-06-24 prefetch 調(diào)用 aspera 下載SRA數(shù)據(jù)踩坑

最近課題需要影钉,要下載幾個(gè)SRA數(shù)據(jù)患民,沒想到小小的更新了一下軟件,浪費(fèi)了我大半天時(shí)間除bug衣赶。因?yàn)榫嚯x我上一次使用prefetch和aspera下載數(shù)據(jù)已經(jīng)有大半年诊赊,于是我先把服務(wù)器上的prefetch和aspera全部更新到了最新版

conda installsra-tools=2.10.7

conda install-chccaspera-cli=3.9.1

結(jié)果當(dāng)我如往常一樣,用下面命令下載數(shù)據(jù)時(shí)

prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp

詭異的事情發(fā)生了:


各種google府瞄,百度搜索解決辦法碧磅,都沒有效果,并且我在sra-tools的github issues下發(fā)現(xiàn)了這個(gè)遵馆,perfetch已經(jīng)不支持aspera下載了鲸郊,令人絕望。具體參考鏈接:https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/255

莫非只能用http下載了货邓,不甘心的我繼續(xù)搜尋秆撮,發(fā)現(xiàn)似乎可以通過版本回退解決這個(gè)問題,于是經(jīng)過本人的多次嘗試换况,以下版本是可以調(diào)用aspera的:

conda installsra-tools=2.9.2

conda install-chccaspera-cli=3.7.6

安裝成功后职辨,下載命令如下:

prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp

折騰了一下午盗蟆,終于搞定!總結(jié)經(jīng)驗(yàn)舒裤,千萬不要隨隨便便更新喳资,有時(shí)候舊版本更好用!

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