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HLAScan是由韓國的科研團隊開發(fā)的一款HLA分型工具恢氯，可以處理WGS, WES和目標區(qū)域捕獲測序的數(shù)據(jù)，將reads與IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫中的reads進行比對鼓寺，然后確定HLA的基因型信息勋拟。
軟件的開發(fā)團隊利用測試數(shù)據(jù)，評估了以下幾個軟件的分型效果
可以看到HLAscan能夠提供可靠的2位和4位分型的結(jié)果妈候。官網(wǎng)鏈接如下
http://www.genomekorea.com/display/tools/HLAscan
最新版本為hlascan_v2, 安裝過程如下
unzip hla_scan_r_v2.1.2.zip
unzip data-set.zip除了軟件的安裝包敢靡，官方還提供了測試數(shù)據(jù)集，直接下載解壓就可以使用了苦银，基本用法如下
hla_scan_r_v2.1.2 -b NA12155.chr6.bam -d HLA-ALL.IMGT -v 38-b參數(shù)指定輸入的bam文件啸胧，-d指定數(shù)據(jù)庫的名字，數(shù)據(jù)庫是軟件自帶的幔虏，-v指定基因組版本hg38纺念。
軟件默認對HLA-A基因進行分型，除了該基因外所计，還支持以下基因的分型
HLA-A
HLA-B
HLA-C
HLA-E
HLA-F
HLA-G
MICA
MICB
HLA-DMA
HLA-DMB
HLA-DOA
HLA-DOB
HLA-DPA1
HLA-DPB1
HLA-DQA1
HLA-DQB1
HLA-DRA
HLA-DRB1
HLA-DRB5
TAP1
-
TAP2
軟件也支持直接提供fastq格式的輸入序列柠辞，具體用法可以參考官網(wǎng)的說明。
運行過程中會顯示如下的log信息
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HLAscan v2.1
Report created
2018. 7. 23. ? ?11:25:32
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HLA gene : HLA-A
# of considered types : 3182
----------- HLA-Types -----------
[Type 1] ? ?01:11N ? ?EX3_3.29348_45 ? ?EX2_3.75926_100 ? ?EX4_24.0471_100 ? ?EX5_35.1966_100 ? ?
[Type 2] ? ?01:11N ? ?EX3_3.29348_45 ? ?EX2_3.75926_100 ? ?EX4_24.0471_100 ? ?EX5_35.1966_100可以看到主胧，對于HLA-A基因叭首，基因分型的結(jié)果為HLA-A*01:11N。
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