今天有一個(gè)需求火邓，就是要將gtf中的轉(zhuǎn)錄本轉(zhuǎn)成fasta序列袖订，一開始是想著用bedtools getfasta實(shí)現(xiàn)慰毅，awk取出來坐標(biāo)做成bed文件輸入bedtools屎即，但是結(jié)果發(fā)現(xiàn)bedtools是單純按照坐標(biāo)取出來的，也懶得自己寫腳本取了事富，搜一下發(fā)現(xiàn)cufflinks中有個(gè)程序可以實(shí)現(xiàn)技俐。
如上圖所示，“ENSMUST00000082908.1”轉(zhuǎn)錄本是這兩個(gè)exons统台，取出這個(gè)轉(zhuǎn)錄本的fasta序列其實(shí)就是這兩個(gè)exons對應(yīng)的序列位置雕擂，需要把兩個(gè)序列連起來。比如說贱勃，exon1是 chr 1 10-50 : AAAAAAAAAA井赌； exon2是chr 1 70-80: TTTTTTTTT（僅做例子）。那么取出來的序列為：AAAAAAAAAATTTTTTTTT贵扰。（exons中間空出的部分并沒有真的轉(zhuǎn)錄出來）仇穗。
gffread可以直接實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能，這來自于cufflinks（一直不知道這個(gè)老軟件竟然還有這個(gè)功能）戚绕，直接conda install cufflinks之后即可使用gffread纹坐。使用如下代碼即可轉(zhuǎn)換：
gffread transcripts.gtf -g reference.fasta -w transcripts.fasta?
轉(zhuǎn)出來效果：
使用：
gffread -h
即可查看所有參數(shù)。
歡迎關(guān)注舞丛！
