構(gòu)架索引
--genome=HAZ 生成索引的目錄
--nthreads=100 線程數(shù)
--fasta=/media/oilseed/BigGuy/jjy/home/genome/HAZgenome/Bna.genome.fa 參考基因組fa
--genes=/media/oilseed/BigGuy/jjy/home/genome/HAZgenome/Bna.gtf 參考基因組gtf
比對(duì)定量
cellranger count
--id=HAZ 樣本名(唯一性)
--transcriptome=/media/oilseed/BigGuy/jjy/singlecell/ref/HAZ/ 上一步創(chuàng)建的索引的目錄名
--fastqs=/media/oilseed/BigGuy/jjy/singlecell/ 下機(jī)數(shù)據(jù)的目錄名
--localcores=80 內(nèi)核
--localmem=100 內(nèi)存