需要安裝biopython
pip install python
import argparse
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
# 創(chuàng)建命令行參數(shù)解析器
parser = argparse.ArgumentParser(description='Replace sequences in fasta file.')
parser.add_argument('--origin', '-o', type=str, help='Path to the file containing the original sequences')
parser.add_argument('--replace', '-r', type=str, help='Path to the file containing the replacement sequences')
parser.add_argument('--output', '-out', type=str, help='Path to the output fasta file')
parser.add_argument('--rev', '-rev', type=str, help='Comma-separated list of sequence names to reverse complement and replace')
parser.add_argument('--chr', '-chr', type=str, help='Comma-separated list of sequence names to keep the original direction')
args = parser.parse_args()
# 讀取原始序列文件
origin_records = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.origin, "fasta"))
# 讀取替換序列文件
replace_records = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.replace, "fasta"))
# 解析需要反向互補(bǔ)的序列名列表
rev_chr_list = args.rev.split(',')
# 解析需要保持原方向的序列名列表
chr_list = args.chr.split(',')
# 遍歷原始序列
for record_id, record_seq in origin_records.items():
# 檢查當(dāng)前序列名是否在需要反向互補(bǔ)的序列名列表中
if record_id in rev_chr_list:
# 檢查替換序列中是否存在同名序列
if record_id in replace_records:
# 獲取替換序列的反向互補(bǔ)序列
reverse_complement_seq = replace_records[record_id].seq.reverse_complement()
# 替換原始序列為反向互補(bǔ)序列
origin_records[record_id].seq = reverse_complement_seq
# 檢查當(dāng)前序列名是否在需要保持原方向的序列名列表中
elif record_id in chr_list:
# 檢查替換序列中是否存在同名序列
if record_id in replace_records:
# 獲取替換序列
replacement_seq = replace_records[record_id].seq
# 替換原始序列為替換序列
origin_records[record_id].seq = replacement_seq
# 將替換后的序列寫入新的fasta文件
output_records = list(origin_records.values())
SeqIO.write(output_records, args.output, "fasta")
--chr輸入同向替換的序列名
--rev輸入反向互補(bǔ)然后替換的序列名
多個(gè)序列用逗號(hào)分隔
你可以使用以下命令行指令運(yùn)行代碼：
python script.py --origin file1.fasta --replace file2.fasta --output output.fasta --rev A_Chr,B_Chr --chr X_Chr,Y_Chr
請(qǐng)確保將script.py替換為你保存代碼的文件名头滔，并將file1.fasta、file2.fasta和output.fasta替換為你實(shí)際使用的文件路徑囱嫩。--rev參數(shù)后面的A_Chr,B_Chr是你需要進(jìn)行反向互補(bǔ)并替換的序列名列表池户，--chr參數(shù)后面的X_Chr,Y_Chr是你需要保持原方向的序列名列表礼预。
這樣第步，你就可以通過命令行參數(shù)指定需要進(jìn)行反向互補(bǔ)的序列名和保持原方向的序列名，并使用更新后的代碼來搜索原始序列文件中的序列喻频，并將替換序列文件中同名序列的反向互補(bǔ)序列替換到需要反向互補(bǔ)的序列中缩宜，將同名序列替換為需要保持原方向的序列，并將結(jié)果保存到指定的輸出文件中。
