Linux下的生信軟件安裝（轉(zhuǎn)錄組）
1 為什么要用conda摘悴？
Conda 是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)鞠绰，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系渤滞，并在它們之間輕松切換法挨。
你可以理解為Windows上的軟件管家吱涉，蘋果上的Apple store。
Conda 是為 python程序創(chuàng)建的捺疼，適用于 Linux，OS X 和Windows永罚，也可以打包和分發(fā)其他軟件啤呼，是目前最流行的python環(huán)境管理工具。
有了它你可以命令行conda install 軟件名呢袱，是不是so easy官扣？哪個(gè)軟件沒裝來一行～
當(dāng)然如果不能裝的話就要另尋他法了，網(wǎng)上搜索一下不香嗎羞福？
2 如何安裝conda惕蹄？
生信分析用miniconda就可以了，miniconda只包含最基本的內(nèi)容——python與conda
# linux下命令行下載miniconda
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安裝剛剛下載的Miniconda治专，bash就是運(yùn)行.sh文件的意思
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#然后根據(jù)提示按enter卖陵、yes
source .bashrc #激活
conda --version ##查看版本號
安裝miniconda3
按enter確認(rèn)安裝位置
3 為什么要設(shè)置環(huán)境？
因?yàn)槊總€(gè)組學(xué)需要的環(huán)境都不一樣张峰，需要的軟件版本也不一樣泪蔫。
設(shè)置不同的conda環(huán)境，它的目的就在于分析不同的項(xiàng)目的時(shí)喘批，使用的軟件是不一樣的撩荣。并且有的組學(xué)分析需要的軟件版本也是不一樣的。
所以在一開始設(shè)置環(huán)境的時(shí)候就可以設(shè)置好饶深，比如轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq設(shè)置一個(gè)環(huán)境餐曹，全基因組設(shè)置一個(gè)環(huán)境
4 如何設(shè)置環(huán)境？
rna環(huán)境的激活與退出
第一步 添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
第二步 創(chuàng)建一個(gè)名為rna的環(huán)境敌厘，并激活該環(huán)境
conda create -n rna python=2 bwa ##python=2指版本
conda info --envs #查看創(chuàng)建的環(huán)境
conda activate rna #激活環(huán)境
###source activate rna也是激活名為rna的環(huán)境台猴，只是說法不一樣而已
第三步 安裝相關(guān)軟件
# 可以用search先進(jìn)行檢索
conda search sratools
## 保證所有的軟件都是安裝在rna這個(gè)環(huán)境下面
conda install sra-tools
第四步 拓展小知識
conda install -y salmon ##加個(gè)“-y”可以自動(dòng)安裝
conda install salmon ##手動(dòng)回復(fù)系統(tǒng)問題
conda半自動(dòng)安裝 =(
第五步 安裝完畢之后查看并退出環(huán)境
conda list #查看已安裝的包，包括name，version等
conda deactivate #退出環(huán)境
查看已安裝的包
5 卸載軟件或刪除
# 刪除全部安裝包
conda remove --name/-n wes --all
# 刪除某個(gè)包
conda activate rna
conda remove multiqc
# 或直接指明name
conda remove -n wes numpy
