開心钟鸵，打開公眾號(hào)后臺(tái)竟然有700粉絲咯奸鬓，感謝大家的關(guān)注和分享土全，公眾號(hào)日更永不斷~~~
獲得本文所需軟件：在生信星球公眾號(hào)(文末有二維碼)后臺(tái)回復(fù)：”小分子結(jié)構(gòu)"，包括chemdraw蓄髓、openbabel妹懒、pymol打包發(fā)給你。
要做分子對(duì)接需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)信息双吆、小分子的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)信息文件眨唬，格式是.pdb，這個(gè)格式的文件用三級(jí)結(jié)構(gòu)可視化軟件就可以讀取和顯示好乐。
蛋白的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)信息是從PDB數(shù)據(jù)庫http://www.rcsb.org/中獲得匾竿，或者自己進(jìn)行三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測，方法詳見：http://www.reibang.com/p/f4e37c62399b蔚万。
小分子的結(jié)構(gòu)信息文件如何獲得岭妖？
首先你要知道你的小分子中文名、英文名和CAS號(hào)反璃，其中CAS號(hào)是唯一且確定的昵慌，用它來檢索最有效。
查CAS號(hào)用這個(gè)網(wǎng)站：http://www.chemyq.com/淮蜈，其實(shí)直接百度也行斋攀。
首頁長的像谷歌，然而看下一頁像不像膏藥哈哈哈哈哈梧田。他的作用就是你輸入中文名可以查到CAS號(hào)淳蔼。接著你就可以用這個(gè)CAS號(hào)去別的數(shù)據(jù)庫找了。
從哪里找呢：
方法一：CAS號(hào)直接檢索
最好用的當(dāng)屬pubchem：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=3D-Conformer
還有chemspider：http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.10947.html?rid=7a636e35-5283-484a-97e0-f556d928c8fa
方法二：從PDB數(shù)據(jù)庫復(fù)合物中分離
從pdb數(shù)據(jù)庫首頁檢索你的小分子CAS號(hào)裁眯，含有該配體的復(fù)合物鹉梨，用pymol分離，方法詳見：http://www.reibang.com/p/ed3446ebd2e8
那么穿稳，自己合成的新型藥物存皂、新化合物，在數(shù)據(jù)庫中肯定是沒有的逢艘，那怎么獲得呢旦袋？
比如你有一個(gè)長這樣的化合物（我胡亂畫的）：
解決辦法就是自己畫啊埋虹！用chemdraw（官網(wǎng)：http://www.chemdraw.com.cn/猜憎，可試用15天）
step1：用chemdraw畫出平面結(jié)構(gòu)
step2：平面結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)為三級(jí)結(jié)構(gòu)
畫好平面結(jié)構(gòu)后直接edit-selectall-copy
然后打開chem-3D，直接粘貼
step3：導(dǎo)出三級(jí)結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)文件
save as-選擇 mol2或sdf搔课，命名時(shí)不要省略后綴胰柑。
step4：sdf格式轉(zhuǎn)化為pdb格式
神器openbabel！
然后來總結(jié)下：
微信公眾號(hào)生信星球同步更新我的文章爬泥，歡迎大家掃碼關(guān)注柬讨！
我們有為生信初學(xué)者準(zhǔn)備的學(xué)習(xí)小組,點(diǎn)擊查看??
想要參加我的線上線下課程，也可加好友咨詢??
如果需要提問袍啡，請(qǐng)先看生信星球答疑公告
