WGS, WES, or targeted sequencing數(shù)據(jù)分析的時候行您，經(jīng)常需要計算全基因組整體的平均測序深度或者 target 區(qū)域的覆蓋度溜宽，從而考察試劑盒的捕獲效率。
工具和方法有哪些：
samtools mpileup/depth
參考文章：
「直播」我的基因組（19）:根據(jù)比對結(jié)果來統(tǒng)計測序深度和覆蓋度
「直播」我的基因組（20）:覆蓋度詳細探究
「直播」我的基因組（21）：為什么我算出的染色體覆蓋度與公司差異甚大GATK DepthOfCoverage
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_coverage_DepthOfCoverage.php
參考文章：
NGS基礎概念-depth and coverage： https://vip.biotrainee.com/d/67-ngs-depth-and-coverage
http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_6721167201018fyw.htmlBedTools' genomeCov
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.htmlPicard CollectWgsMetricsWithNonZeroCoverage
參考文章：
計算捕獲效率豺撑，測序深度烈疚，覆蓋度：
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.4.0/picard_analysis_CollectWgsMetricsWithNonZeroCoverage.phpbamcov
https://github.com/fbreitwieser/bamcov
參考文章：
可以實現(xiàn)在終端快速計算和可視化序列的覆蓋度：https://mp.weixin.qq.com/s/WLEinW2BvxQ6a2MkTQCa8wAlfred
https://gear.embl.de/docs/alfred/cli/
一個集成的工具，包括質(zhì)控前硫、對DNA-seq,RNA-seq,ChIP-seq/ATAC-seq特征指標的計算和注釋胞得、比對和單體型分析。
文章發(fā)表在Bioinformatics屹电，發(fā)表日期：06 December 2018
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1007mosdepth
https://github.com/brentp/mosdepth
文章：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx699qualimap
http://qualimap.bioinfo.cipf.es/其他方法
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一些討論
「RNA-seq是否有必要計算覆蓋度阶剑，需要多大的覆蓋度？」https://www.biostars.org/p/65501/
