醫(yī)學影像網(wǎng)站
DTI
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DTI studio
- DTI Studio是一個在Windows下運行的擴散張量圖像后處理程序茅茂。適合張量計算湾碎，顏色映射享幽，白質纖維束跟蹤比肄，三維可視化等任務。
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MedInria
- MedINRIA是由法國INRIA開發(fā)的醫(yī)學影像后處理平臺晋涣。包含醫(yī)學影像可視化翔曲，DTI纖維束跟蹤與張量顯示败玉，圖像配準，多硬化癥分析疫铜，腦溝回可視化等功能茂浮。
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- FSL偏重于DTI的統(tǒng)計學處理分析。測體積壳咕、VBM等.
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TBSS
- TBSS是FSL軟件下的一個DTI數(shù)據(jù)處理工具席揽，主要用于比較不同組人群之間局部FA或其他DTI參數(shù)的差異，與VBM或VBA比較相近谓厘，但所使用的算法完全不同驹尼，是目前DTI數(shù)據(jù)中比較常用的軟件之一。
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TrackVis
- TrackVis是一款多平臺DTI數(shù)據(jù)處理軟件庞呕，可以在Windows系統(tǒng)或Linux系統(tǒng)下使用新翎，可用于計算計算纖維束走形和顯示非常方便的軟件。該軟件由兩個工具箱構成住练，Diffusion Toolkit用于計算DTI或HARDI數(shù)據(jù)以及常用的各參數(shù)地啰，如ADC、FA讲逛、本征值等亏吝。TrackVis用于對計算出的神經(jīng)纖維束顯示和分析，可以手工畫ROI或VOI也可以通過導入ROI或VOI進行纖維束追蹤盏混，并可分析通過ROI的纖維束數(shù)目及長度等信息蔚鸥。是目前比較好用的一款DTI數(shù)據(jù)處理軟件，上手比較容易许赃。
腦結構連接分析
- PANDA
- PANDA是基于FSL等軟件開發(fā)的dMRI數(shù)據(jù)處理軟件止喷。它可以全自動地對大量的被試進行預處理，并產(chǎn)生用于voxel-based混聊、atlas-based和TBSS-based統(tǒng)計分析所需的數(shù)據(jù)弹谁；此外可以通過確定性追蹤和概率追蹤進行網(wǎng)絡構建。軟件可以同時并行分析大批量的數(shù)據(jù)。(www.nitrc.org/projects/panda/)
靜息態(tài)fMRI
- REST
- REST是一個靜息態(tài)功能磁共振數(shù)據(jù)分析工具预愤，可以計算功能連接（FC）沟于，區(qū)域同質性（ReHo值），振幅低頻率波動（ALFF）植康，Granger因果分析（GCA）等指標旷太。同時包含豐富的圖像分析工具，如各種統(tǒng)計分析销睁、可視化泳秀，多重比較校正，時間序列提取榄攀，結果出圖等嗜傅。
- FSL - MELODIC
- FSL MELODIC 3.0是牛津大學開發(fā)的一個功能磁共振后處理軟件。該方法無需指定任何先驗模型檩赢，憑借獨立分量分析(ICA)將單個或多個四維數(shù)據(jù)集分解成不同的空間和時間組件吕嘀，從而尋找活躍區(qū)域。
- GIFT
- 基于Matlab的專門用來做ICA分析的工具包贞瞒，可以用來進行基于任務fMRI和靜息fMRI的ICA分析及其后續(xù)分析偶房。
- MICA
- 基于Matlab的易于操作的ICA分析軟件【可以實現(xiàn)較大樣本量數(shù)據(jù)的ICA分析棕洋，通過多次運算求得穩(wěn)定的ICA分析結果，克服ICA分析的不穩(wěn)定性乒融。
- DPARSF(A)
- 流水線式自動化的fMRI和靜息態(tài)fMRI數(shù)據(jù)預處理掰盘，靜息態(tài)fMRI數(shù)據(jù)后處理工具包≡藜荆可以實現(xiàn)目前主流的各種靜息態(tài)fMRI指標的計算愧捕。可以實現(xiàn)并行的快速計算申钩。
任務態(tài)fMRI
- SPM
- SPM是分析功能成像數(shù)據(jù)教主流的一個軟件包次绘。可以分析多種腦成像數(shù)據(jù)撒遣，包括fMRI邮偎，PET，SPECT义黎，EEG和MEG禾进。
- GLM Flex
- 基于Matlab和SPM的二次統(tǒng)計（組分析）分析軟件，除了SPM包括的那些簡單模型（單樣本轩缤，雙樣本t檢驗等）命迈，還允許更多功能如mixed ANOVA，2×2被試內(nèi)設計火的，多于兩因素的ANOVA分析壶愤。
- FSL-FEAT
- FSL FEAT基于模型的fMRI數(shù)據(jù)分析軟件， FEAT對于實驗設計和分析具有很高的靈活性馏鹤，適合于復雜的功能磁共振實驗設計任務征椒。
- AFNI
- AFNI是在linux上運行的分析功能成像數(shù)據(jù)的工具集∨壤郏可以分析多種腦成像數(shù)據(jù)勃救，包括fMRI，PET治力，SPECT等蒙秒。
- LISREL
- LISREL (Linear Structural Relations)是由K.G. Joreskog & D. Sorbom所發(fā)展的結構方程模型 (Structural Equation Modeling)軟件. LISREL被認為是最專業(yè)的結構方程模塊（Structural Equation Modeling, 簡稱 SEM ）分析工具,通過fMRI數(shù)據(jù)可以對大腦進行網(wǎng)絡模型構建（帶有方向性），并對所做模型供驗證性因素分析宵统。由于LISREL在探討多變項因果關系上的強力優(yōu)勢晕讲，最早LISREL運用于社會學研究,最近隨著腦科學研究的進展也有不少研究人員將結構方程模型運用于大腦網(wǎng)絡的研究進而探討多變項或單變項之間的因果關系。
Structural MRI
皮層
- Freesurfer
- FreeSurfer是哈佛大學開發(fā)的磁共振神經(jīng)影像分析马澈，主要用于測量大腦皮層的厚度和統(tǒng)計分析瓢省。
溝回
- BrainVISA
- BrainVISA 可以用來分析T1加權大腦MR圖像，包括灰/白質分類痊班，左右半球表面的提取與可視化勤婚，大腦皮質溝回的提取、標記等涤伐。
結構
- SPM
- 測腦體積馒胆、VBM、及其他
多模態(tài)磁共振數(shù)據(jù)分析
腦網(wǎng)絡分析
- GRETNA
- GRETNA是一個針對磁共振影像數(shù)據(jù)開發(fā)的基于圖論的復雜腦網(wǎng)絡分析軟件凝果。該軟件可以對腦功能影像進行自動預處理国章，并能批量計算常用的二值化或者加權腦網(wǎng)絡的拓撲屬性，如類聚系數(shù)豆村、最短路徑長度液兽、小世界屬性、網(wǎng)絡效率掌动、模塊化四啰、節(jié)點度、節(jié)點介數(shù)粗恢、節(jié)點效率等柑晒，并能對結果進行統(tǒng)計分析(www.nitrc.org/projects/gretna)
腦網(wǎng)絡可視化
- BrainNet Viewer
- BrainNet Viewer是一個腦網(wǎng)絡可視化軟件，提供了豐富的設置來幫助研究者快速眷射、靈活匙赞、方便地展示腦連接網(wǎng)絡的信息佛掖。該軟件支持顯示基于圖論的三維腦網(wǎng)絡模型以及體數(shù)據(jù)到三維腦曲面的映射，并能夠將顯示結果保存成常用的圖片格式或制作展示電影動畫(www.nitrc.org/projects/bnv/)
可視化
- 3D Slicer
- 3D Slicer是一個開放式的醫(yī)學影像后處理平臺涌庭，可以創(chuàng)建特定主題的醫(yī)學圖像分析和可視化工具芥被。包含多種模態(tài)成像如MRI，CT坐榆，超聲拴魄，核醫(yī)學等，可以分析從頭部到腳的多個器官影像席镀，具有較好的可擴展性匹中。
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MRIcron
- NIfTI數(shù)據(jù)可視化,支持linux,可使用命令安裝.
