生信工作者日常小tips匯總

1. mac終端數(shù)據(jù)拖拉式傳輸

不用winscp 也不用filezila ? 請直接打開你的終端Terminal

輸入scp 拖拽需要傳輸?shù)奈募竭@里 賬戶@ip:路徑

外網(wǎng)傳輸需要設(shè)置端口用 -P 80或2222 ?(P一定要大寫)

傳文件夾用 -r

gif只用三秒
唰地一下就好了

是不是很方便

輕松搞定

2. top +c查看任務(wù)

top可以顯示系統(tǒng)當前的進程和其他狀況

在輸入top回車之后 按下c鍵,可以看到具體的命令內(nèi)容

按下h鍵查看所有參數(shù)說明

目前來看還是c比較有用 ?

擴展閱讀:linux的top命令參數(shù)詳解

3. featurecounts 批量計算bam

在做轉(zhuǎn)錄組定量的時候featurecounts經(jīng)常被使用

官網(wǎng)使用說明?A quick tutorial on featureCounts

這里要介紹的是可以多個bam/sam一起輸入

featureCounts -a ?XX.gtf ?-o counts.txt 01.bam 02.bam 03.bam ......

log里面記錄了每個bam文件的比對率

生成的count.txt里從第七列開始都是每個樣本的表達量窘俺,可以用awk提取得到raw?matrix

4. 外網(wǎng)登錄服務(wù)器

這個專門寫了一個教程 輕松搞定服務(wù)器外網(wǎng)登錄?

可能是史上最簡單的了

5. wget下載--no-check-certificate

有時wget下載不了亮元,可以加上--no-check-certificate(不檢查證書)試試


6. cat?-A顯示特殊字符

其實也就是cat -vET卧惜,cat -e(-vE)和cat -t (-vT)的結(jié)合

cat -e能顯示回車\n心褐,用$表示倒庵,而cat -t 顯示空格為^I, 結(jié)合在一起就都顯示了

7. 命令中斷后續(xù)跑

有時直接在終端提交命令發(fā)現(xiàn)時間太長耘纱,想重新nohup跑扣猫。可以使用control+z捅膘,再加bg添祸,就可以繼續(xù)跑了



以上是我個人在實際操作中總結(jié)的一點小心得

后續(xù)會慢慢加上更多的小tips方便大家

也歡迎積極留言 ?把你在生信分析中發(fā)現(xiàn)的妙招分享出來~

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