本地Blast的安裝與使用

寫在前面

這一篇教程寫于很久之前沮脖，那時(shí)候才剛開始學(xué)著記錄下自己的學(xué)習(xí)過程凯正，今天將其正式貼出來，供自己也供讀者參考秸抚。

Blast的安裝

說明：BLAST工具是由NCBI所提供速和。

以下摘自NCBI官網(wǎng)
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) finds regions of similarity between biological sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance.

功能：BLAST 是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性比較的分析工具。[BLAST]程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相似性序列比較剥汤。BLAST結(jié)果中的得分是對一種對相似性的統(tǒng)計(jì)說明颠放。
下載地址：~~ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/~~

舊地址已失效，新鏈接為 ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz

具體安裝：

wget ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz ‘解壓’
mv ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz blast ‘改名’

可以通過絕對路徑來直接使用BLAST的相關(guān)命令吭敢，但為了使用方便碰凶，還需要進(jìn)一步配置。將BLAST+可執(zhí)行目錄（bin）的絕對路徑加入到環(huán)境變量PATH中，方便直接通過命令名進(jìn)行調(diào)用痒留。主要有兩種方法：

方法一：
執(zhí)行以下命令
PATH=$PATH:/usr/local/BLAST/blast/bin
或
PATH="PATH":/usr/local/BLAST/blast/bin
或
PATH=${PATH}:/usr/local/BLAST/blast/bin
這種方法只在當(dāng)前終端生效谴麦，退出重新進(jìn)入終端后就無法使用，要想永久生效伸头，參見方法二匾效。

方法二：
編輯~/.bashrc文件，在最后加上：
export PATH=/usr/local/BLAST/blast/bin:$PATH
如果不會使用vi/vim等編輯器恤磷，可直接運(yùn)行下列一行命令面哼，將上述內(nèi)容添加到~/.bashrc文件
echo "export PATH=/usr/local/BLAST/blast/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc

最后，重啟終端或執(zhí)行以下命令讓配置生效：
source ~/.bashrc

需要注意的是如果你只想在普通用戶身份下使用BLAST的相關(guān)命令扫步，那需在普通用戶身份下執(zhí)行上述命令魔策，因?yàn)閞oot和一般用戶的PATH變量的內(nèi)容不一樣。

配置本地Blast庫

BLAST分為在線和本地兩種河胎，你可以直接在NCBI網(wǎng)站上在線使用BLAST進(jìn)行相關(guān)分析闯袒，也可以在本地進(jìn)行分析。當(dāng)需要進(jìn)行大量對比的時(shí)候游岳，將BLAST數(shù)據(jù)庫本地化能極大提高效率政敢。下面以一個(gè)具體例子講一下配置本地BLAST庫的方法。

BLAST數(shù)據(jù)庫分為兩類胚迫，核酸數(shù)據(jù)庫和氨基酸數(shù)據(jù)庫喷户，可以用makeblastbd創(chuàng)建
執(zhí)行help參數(shù)簡單看下說明（help說明中可以看到該命令所支持的文件格式）

從數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站上下載長瓜兩個(gè)品種的核酸數(shù)據(jù)庫

wget ftp://cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber/Chinese_long/v2/cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa.gz
wget ftp://cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber/Gy14/V2/ Gy14_v2.cds.fa.gz

解壓

gzip -d cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa.gz
gzip -d Gy14_v2.cds.fa.gz

構(gòu)建數(shù)據(jù)庫

makeblastdb -in cucumber_ChineseLong_v2_genome.fa -dbtype nucl -out cucumber -parse_seqids
makeblastdb -in Gy14_v2.cds.fa -dbtype nucl -out Gy14 -parse_seqids

需要注意的是設(shè)置-parse_seqids參數(shù)時(shí)，建庫時(shí)會對輸入fasta文件的序列ID進(jìn)行檢查访锻，注意不要有空格褪尝，不然會報(bào)錯(cuò)。

到此期犬，本地?cái)?shù)據(jù)庫就已經(jīng)建好了河哑。下面來嘗試進(jìn)行比對

echo '>test' > query.fa 
echo TGAAAGCAAGAAGAGCGTTTGGTGGTTTCTTAACAAATCATTGCAACTCCACAAGGCGCCTGTAATAGACAGCTTGTGCATGGAACTTGGTCCACAGTGCCCTACCACTGATGATGTTGATATCGGAAAGTGGGTTGCAAAAGCTGTTGATTGTTTGGTGATGACGCTAACAATCAAGCTCCTCTGGT >> query.fa

用blastn檢索核酸數(shù)據(jù)庫。最簡單的方法就是提供數(shù)據(jù)庫所在位置和需要檢索的序列文件龟虎。
blastn -db cucumber -query querry.fa -out test.blastn@cucumber.nsn -evalue 1e-2
這樣灾馒，序列比對的結(jié)果就會存儲在 test.blastn@cucumber.nsn 這個(gè)文件中。

最后編輯于：2020.08.18 17:37:20

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者