Conda也會小翻車
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
學習生信的第25天
今天終于到了比對的日子了，在使用trim_galore去掉接頭和低質(zhì)量的read后，使用hisat2進行比對龙考。前期的構(gòu)建索引沒啥好說的，都是常規(guī)操作拴竹，建立了人的基因組索引
有點奇怪的是索引中有ht2文件特別小，分別是3剧罩、7栓拜、8，具體原因不清楚，查看了一下其他人建立的索引幕与，發(fā)現(xiàn)也存在這樣的情況
索引
生信技能樹提供聯(lián)系的服務器中的索引挑势，可能是release的版本不一樣（我用的是102），但是也是發(fā)現(xiàn)3啦鸣、7潮饱、8的ht2文件特別小，所以可能這三個索引就是這么小诫给。
報名呀香拉，大兄弟們，不是托
ok中狂，正式進入比對凫碌，首先構(gòu)建一個index的位置。
index=/mnt/w/20201209-rowdata/reference-genome-human/Ensembl/Homo_sapines/GRCH38_release102/Homo_sapiens.GRCh38
#最后的文件是前綴Ｎ搁拧Ｊ⑾铡！勋又！前綴？嗑颉！赐写！前綴Ｄ窭Ｄぴ摺挺邀！就是 .1.ht2前面的文件名
然后就可以比對了
hisat2 -p 100 -x ${index} -1 ../SRR1039508_1_val_1.fq -2 ../SRR1039508_2_val_2.fq -S hisat2-date/SRR1039508.Hisat_aln.sam
#p是設置線程數(shù) -S是輸出位置
sam文件轉(zhuǎn)bam文件
samtools sort -@ 3 -o SRR1039508.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039508.Hisat_aln.sam
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
到這里就開始離奇報錯，以我多次考六級的經(jīng)驗就是缺了一個叫libtinfow.so.5的文件跳座，百度了一下竟然就完整的解決方法 http://www.reibang.com/p/f8a0692df264端铛，大概意思就是conda直接安裝的是1.8版本的samtools，似乎直接安裝的samtools里面就沒有libtinfow.so.5
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傻瓜方法就是降級安裝1.5版本的samtools
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