Seurat 4.？升級(jí)Seurat5
報(bào)錯(cuò)
lazy loading failed for package 'Seurat'
報(bào)錯(cuò)
lazy loading failed for package 'SeuratObject'
原因似乎是
'Matrix'包版本過(guò)低1.5-1.4
而'Matrix'包版本>=1.6 需要R版本4.4扳碍，我擺爛了幾年的服務(wù)器R版本才4.1
so服務(wù)器升級(jí)R-base本今，網(wǎng)上隨便找的命令拆座，也沒(méi)有針對(duì)R
sudo apt-get update
sudo apt update
R --version
R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life" Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu
升級(jí)R的目的還是達(dá)成了。
刪掉'Matrix'包冠息，重新安裝
install.packages('Matrix')
packageVersion('Matrix')
[1] '1.7.0
安裝'SeuratObject'
install.packages('SeuratObject')
報(bào)錯(cuò)
compilation failed for package 'SeuratObject'
另一種安裝方式
BiocManager::install("SeuratObject")
哦豁挪凑，Bioconductor也需要更新
Bioconductor - Install Get the latest version of Bioconductor
BiocManager::install(version = "3.19")
好嘛，179個(gè)包更新
+++++
shua逛艰，更新完畢
+++++
再次
BiocManager::install("SeuratObject")
*DONE (SeuratObject)
安裝Seurat
BiocManager::install("Seurat")
*DONE (Seurat)
packageVersion('Seurat')
[1] '5.1.0'
需求：Rstudio的Console內(nèi)容需要保存（安裝R包時(shí)顯示的完整信息需要保存）
交互式R命令的輸出結(jié)果如何保存 | 生信菜鳥(niǎo)團(tuán) (bio-info-trainee.com)
還得是曾老師躏碳。
