今天打開GEPIA的時(shí)候突然發(fā)現(xiàn)頁面右上角多了一個(gè)GEPIA2(test)崔步，GEPIA更新啦？作為一個(gè)重度愛好者，當(dāng)然要點(diǎn)開來看看斧拍。直接點(diǎn)擊此處可直到到達(dá)：http://162.105.60.246/demo_GEPIA2/about.html≌刃。可以看到GEPIA2網(wǎng)址還不是域名肆汹，也顯示是demo版本，大概還在實(shí)驗(yàn)室的服務(wù)器上孵化著予权。
從標(biāo)簽頁比較可以直接發(fā)現(xiàn)新增的Isoform Detail這個(gè)功能昂勉。這個(gè)新的功能是針對同一個(gè)基因的不同轉(zhuǎn)錄本的細(xì)分研究。
bar 比較.png
我們在分析芯片數(shù)據(jù)的時(shí)候有時(shí)候會發(fā)現(xiàn)一個(gè)基因不同的探針做出來結(jié)果有時(shí)候并不一致扫腺。取平均岗照？取最大？還是舍棄笆环？形成爭論最主要的原因還是這個(gè)技術(shù)沒有辦法很好的區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本攒至。而我們對于一個(gè)基因不同轉(zhuǎn)錄本的之間的關(guān)系還認(rèn)識不清。連作用模式都猜不透躁劣。在這方面基礎(chǔ)研究需要更加深入才能更好的進(jìn)行大數(shù)據(jù)基因組分析迫吐，避免把lncRNA當(dāng)junk RNA的前車之鑒。
GEPIA2這一功能也是給測序數(shù)據(jù)的表達(dá)分析提供了一個(gè)思路账忘。在可行的范圍內(nèi)志膀，我們不如將轉(zhuǎn)錄本分開看看，它們各自在cohort里面是什么樣子鳖擒。也許之前表達(dá)差異不明顯的溉浙，生存區(qū)分不開的，就分開了败去。原來是有兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本在表達(dá)水平上在相互制衡放航。那么也許對于轉(zhuǎn)錄本之間的作用機(jī)制也有了新的想法。說起來好像分分鐘又是一個(gè)課題設(shè)計(jì)的樣子圆裕。嗯广鳍，話說，又到了國自然的申請季吓妆。
廢話扯太多赊时，還是來看看新功能具體都能做些什么吧。
Isoform Detail : Isoform usage
這一塊主要就是來看一個(gè)基因的不同轉(zhuǎn)錄本在數(shù)據(jù)集中的表達(dá)水平的行拢。作者是基于什么原理講不同轉(zhuǎn)錄本區(qū)分開的祖秒，暫時(shí)無從得知，等待他們的全新大作，應(yīng)該能得到解答竭缝。
Isoform usage
我們目前只關(guān)心怎么使用房维。Gene這一欄可以輸入一個(gè)基因的gene symbol，這樣將獲得他所有已知的轉(zhuǎn)錄本的結(jié)果抬纸；也可以直接輸入某轉(zhuǎn)錄本的id咙俩，可以在Ensembl上查到。目前只能一次分析一個(gè)基因湿故。無法同時(shí)進(jìn)行多個(gè)基因的分析阿趁。Dataset處可以單選可以多選。結(jié)果將分開顯示坛猪。
Ensembl
做出來的結(jié)果是violin圖脖阵，和以往一樣pdf格式，右鍵保存墅茉。
結(jié)果
Isoform Detail : Isoform structure
這個(gè)功能顧名思義就是來展示不同轉(zhuǎn)錄本之間的結(jié)構(gòu)差異的命黔。將需要比較的轉(zhuǎn)錄本Ensembl id用逗號分隔輸入檢索欄。
Isoform structure
目前除了demo數(shù)據(jù)ERBB2之外就斤，我還沒有run成功其他基因纷铣。可能還需要優(yōu)化战转。這一塊應(yīng)該需要依賴domain相關(guān)的數(shù)據(jù)庫來完善數(shù)據(jù)。相信應(yīng)該有更專業(yè)進(jìn)行蛋白domain比較的數(shù)據(jù)庫以躯。歡迎大家向我分享槐秧！
Survival : Survival Map
除了新標(biāo)簽之外，在舊標(biāo)簽Survival下其實(shí)也新增了一個(gè)功能忧设，叫Survival Map刁标。
survival新功能
具體是干什么用的呢？可以參考Help里面的說明址晕。讀完以后感覺是像前面所說的針對轉(zhuǎn)錄本做生存分析膀懈。然而即使是使用demo的ERBB2，我也沒能成功畫出圖來谨垃。仔細(xì)看看启搂，好像Help里羅列的參數(shù)也沒有完全呈現(xiàn)出來。大概該功能還在建設(shè)中吧刘陶。
Survival Map
此外胳赌，其實(shí)在correlation功能下也有了新的升級，可以進(jìn)行signature vs signature的比較匙隔，隨便選了demo數(shù)據(jù)里的兩個(gè)疑苫，畫出來跟個(gè)芝麻大餅似的。然后就再也沒成功。估計(jì)也還在建設(shè)中捍掺。施工現(xiàn)場咱就不去圍觀了撼短。
總的來說GEPIA2還在建設(shè)階段，所以運(yùn)行起來也不是很穩(wěn)定挺勿。例如跳轉(zhuǎn)到新的功能后曲横，前一個(gè)功能做的圖還掛在頁面上。Isoform usage會同時(shí)作出兩張一樣的圖的情況等满钟。但我真的忍不住奔走相告GEPIA更新這個(gè)好消息胜榔。期待GEPIA2正式版上線！湃番！
作者：墨墨如
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來源：簡書
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