第一部分 —— 關(guān)于計(jì)算生物學(xué) & 生物信息學(xué) & 本課程內(nèi)容
（1）Protein Wave
【技術(shù)】Sanger測序了一個(gè)蛋白質(zhì)序列（牛）
【算法】Needleman-Wunsch algorithm
【數(shù)據(jù)庫】PDB（Protein Data Bank成肘，蛋白質(zhì)3D結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫）
【算法】BLAST —— instead of pairwise sequence alignment
【比賽】CASP —— predicting the protein structure
【數(shù)據(jù)庫】BLOCKS database
（2）Expression Wave
【技術(shù)】Northern blot —— measures the expression of a single gene；
【技術(shù)】Microarray / Gene chips —— measures many genes in a condition；
個(gè)人理解：將不同組織進(jìn)行mRNA提取罩驻，轉(zhuǎn)化為cDNA之后剪个，將其進(jìn)行熒光標(biāo)記悬而。上機(jī)后酪碘，能與microarray進(jìn)行結(jié)合的帖世，體現(xiàn)熒光取董，不能與microarray結(jié)合的棍苹，不體現(xiàn)熒光。
【技術(shù)】RASL-Seq / Luminex assays —— 對每一個(gè)sample的expression進(jìn)行計(jì)算
【技術(shù)】scRNA-seq（single-cell）
（3）DNA Sequencing Wave
【知識(shí)】DNA structure
【知識(shí)】Recombinant DNA
【技術(shù)】Sanger sequencing（一代測序）
【技術(shù)】PCR —— amplify any piece of DNA
【數(shù)據(jù)庫】NCBI
【算法】BLAST
【技術(shù)】whole genome shotgun
對鳥槍測序技術(shù)感興趣的同學(xué)茵汰，可以看看b站大佬鬼谷的科普：
https://www.bilibili.com/video/BV1GE411H7Nv?spm_id_from=333.999.0.0
（4）Big Data Challenge
【NGS / next generation sequencing / high-throughpu sequencing】
e.g. Illumina
最先進(jìn)機(jī)器的效能：
文獻(xiàn)推薦
（5）Bioinfo vs Computational Biology
概述
生物信息學(xué)：算法枢里、數(shù)據(jù)庫，主要工作是創(chuàng)建工具 —— engineering
計(jì)算生物學(xué)：偏基礎(chǔ)問題 —— discovery
生物信息學(xué)的不同階段
深切認(rèn)識(shí)到，自己將長期處于Level1（笑哭）栏豺。彬碱。。
生物信息學(xué)相關(guān)學(xué)科 & 技術(shù)
概述：
- 統(tǒng)計(jì)學(xué)奥洼、計(jì)算機(jī)科學(xué)巷疼、生物學(xué)都要好；
- 在各個(gè)階段都有涉及到灵奖；
- microarray的落寞 & 單細(xì)胞測序的興起嚼沿；
（6）課程涉及到的背景知識(shí)
【標(biāo)注】
- intuition，指這門課只會(huì)讓學(xué)生從面上去理解算法瓷患，而并不會(huì)讓學(xué)生去進(jìn)行算法開發(fā)（難度太大）
- 并不會(huì)涉及到算法骡尽、模型的推導(dǎo)（這部分我老感覺，是計(jì)算機(jī)專業(yè) & 數(shù)學(xué)專業(yè)做的尉尾，但是其實(shí)我也有一定興趣）
文獻(xiàn)推薦
（7）課程信息
課程安排：
軟件使用教學(xué)視頻：
https://canvas.harvard.edu/courses/49497/pages/video-tutorials-for-bioinformatics-software
【關(guān)于本門課】
如果是遠(yuǎn)程上課爆阶，可以查看gitbook上的參考資料：
https://liulab-dfci.github.io/bioinfo-combio/
同時(shí)本課程也有些需要注意的地方（關(guān)于課程更新 & 直播部分）：A subset of the lectures will be live and updated, check canvas email announcements。
關(guān)于課程打分部分沙咏，規(guī)則如下：
HW為homework
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【摘抄自劉老師的話】
在目前階段辨图，基因組學(xué)、生物信息學(xué)算法肢藐、新一代測序技術(shù)故河，都不斷得被應(yīng)用到腫瘤研究中。
這也就是為什么我們需要關(guān)注腫瘤（一個(gè)非常重要的發(fā)展方向）吆豹。
【劉老師實(shí)驗(yàn)室】
【劉老師現(xiàn)在的研究方向】
【劉老師課題組聯(lián)系方式】
