本文轉載自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html
1．準備序列文件
準備fasta格式序列文件（fasta格式：大于號>后緊跟序列名璧眠，換行后是序列罚随。舉例如下）。每條序列可以單獨為一個文件尔崔，也可以把所有序列放在同一文件內角撞。
核酸序列：
>sequence1_name
CCTGGCTCAGGATGAACGCT
氨基酸序列：
>sequence2_name
MQSPINSFKKALAEGRTQIGF
2．多序列比對
打開MEGA5呛伴，點擊Align，選擇Edit/BuildAlignment谒所，選擇Createa new alignment热康，點擊OK。
要選擇序列類型劣领，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）姐军。
選擇之后，在彈出的窗口中直接Ctrl + V粘貼序列（如果所有序列在同一個文件中尖淘，即可全選序列奕锌，復制）。也可以：點擊Edit村生，選擇Insert Sequence From File惊暴，選擇序列文件（可多選）。
序列文件加載之后梆造，呈藍色背景（為選中狀態(tài)）缴守。點擊按鈕
選擇Align DNA（如果是氨基酸序列，則會出現(xiàn)Align Protein）镇辉。彈出的窗口中設置比對參數(shù)屡穗，一般都是采用默認參數(shù)即可。點擊OK忽肛，開始多序列比對村砂。
比對完成后，呈現(xiàn)以下狀態(tài)屹逛。
這時需要截齊兩端含有---的序列：選中含有---的序列础废，按鍵Delete刪除（注意：兩端都需要截齊）汛骂。截齊之后，保存文件為：filename.mas
3． 構建系統(tǒng)進化樹
多序列比對窗口评腺，點擊Data帘瞭，選擇Phylogenetic Analysis，彈出窗口詢問：所用序列是否編碼蛋白質蒿讥，根據(jù)實際情況選擇Yes或No蝶念。此時，多序列比對文件就激活了芋绸，可以返回MEGA 5主界面建樹了媒殉。
MEGA 5主界面。點擊Phylogeny摔敛，選擇Construct/Test Neighbor-Joining Tree…彈出的對話框詢問：是否使用當前激活的數(shù)據(jù)廷蓉，選擇Yes。這時彈出建樹參數(shù)設置對話框马昙，更改No. of Bootstrap Replications為1000桃犬，其他參數(shù)默認即可，點擊Compute给猾。
這里解釋一下疫萤，Construct/Test Maximum Likelihood Tree…（ML）或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…（NJ）或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…（ME）為三種不同的建樹方法，NJ方法最常用敢伸。
建樹完成扯饶，效果如下所示。注意池颈，要點擊Bootstrap consensus tree查看樹形尾序。保存文件為filename.mts(可以用MEGA 5打開)。
4． 后期修改
為了美觀躯砰，也是為了滿足發(fā)表文章的要求每币，需要對進化樹進行樹形、字體琢歇、字號的修改兰怠。點擊View，選擇Options李茫。彈出窗口中揭保，在Tree標簽中可以修改枝與枝之間的距離（Taxon Separation）、枝長（BranchLength）和樹寬（Tree Width）魄宏，調整至美觀即可秸侣。Branch標簽中，可以選擇勾選“Hide values lower than %”，一般隱藏50%以下的數(shù)值味榛。其他的參數(shù)可以自行研究椭坚，一般默認即可。
文字字體搏色、字號的修改善茎。
方法1：點擊Image，選擇Saveas PDF file继榆，保存至filename.pdf巾表。打開軟件AdobeIllustrator CS6，文件---打開---選擇剛剛保存的PDF文件略吨。修改好之后，文件---導出---可以導出很多種類型的文件考阱。一般選擇保存成TIFF（.tif）文件翠忠，顏色模式選擇RGB，勾選LZW壓縮乞榨，其他默認秽之。
方法2：點擊Image，選擇Copyto Clipboard吃既。粘貼到Word中考榨，右擊進化樹圖片，編輯圖片鹦倚。即可更改字體字號河质。修改好可以了≌鹦穑或者進一步導出圖片格式：先將該word文件打印生成PDF文件掀鹅，再用Adobe Illustrator CS6或Adobe Photoshop CS6導出圖片格式。
