整個(gè)流程是使用氨基酸序列進(jìn)行分歧時(shí)間推斷玫荣。
輸入文件準(zhǔn)備
- 符合paml格式要求的phy
111 3789
Acosmetura_nigrogeniculata_NC_045212 -MMTNLFSVFDPSTNIM-NLSLNWLSTIIGMMILPL
Alloxiphidiopsis_emarginata_NC_065298 -MMTNLFSVFDPSTNIM-NLSLNWLSTFLGMMVLPL
Anabropsis_guangxiensis_NC_068726 --MTNLFSVFDPSTSIM-NTSLNWTSTFIGLLMIPS
...
如果格式不符合要求可以使用trimal自帶工具制作符合要求的文件嚼黔。
readal -in $in -out $out.phy -phylip_paml
- 帶有化石標(biāo)記的有根樹
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(OG_Schizodactylus_jimo_NC_068225,((...)'>0.592<0.616')))'@2.901';
我們可以使用
gotree快速獲得去除支持度和枝長的結(jié)構(gòu)樹:
cat $input_tree | gotree brlen clear |gotree support clear >out.tree
樹文件的第一行是物種數(shù)量空格樹的數(shù)量
mcmctree的單位是億年（100個(gè)Mya）拍摇，所以一般我們要把獲得時(shí)間單位除以100. 化石標(biāo)記的結(jié)構(gòu)：>最年輕時(shí)間<最古老時(shí)間死宣，@大約時(shí)間
配置mcmctree.ctl文件
整個(gè)文件除了上述的兩個(gè)輸入文件外嘱腥，真正需要計(jì)算的只有rgene_gamma丽猬、sigma2_gamma歌粥。根據(jù)之前寫的計(jì)算rgene_gamma我們可以自行計(jì)算攀操。sigma2_gamma則是根據(jù)文獻(xiàn)選擇昆蟲綱的經(jīng)驗(yàn)值sigma2_gamma = 1 4.5凯正，參見之前的內(nèi)容毙玻。配置齊活，就可以開始mcmctree mcmctree.ctl兩次廊散，進(jìn)行分歧時(shí)間計(jì)算了桑滩，計(jì)算結(jié)束后如果兩個(gè)run結(jié)果接近就可以使用了。
最好也輸入RootAge =允睹。
for me
- 準(zhǔn)備兩個(gè)輸入文件运准；檢查樹文件的第一行為
物種數(shù)量 樹的數(shù)量。 - 同一個(gè)文件夾下缭受，執(zhí)行
Step1_rgene_gamma_AA.sh - 將rgene_gamma輸入到mcmctree.ctl胁澳，同時(shí)修改
RootAge = - 運(yùn)行
Step2-3_mcmctree_AA.sh - 兩個(gè)run運(yùn)行結(jié)束，執(zhí)行收斂檢查
Step4_Convergence_verification.sh
