A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188 77 * 0 0 * * 0 0
A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10068:10473 141 * 0 0 * * 0 0
這是一個(gè)SAM格式的文件时甚，每一列的含義如下：
1.A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188：這是序列的ID，通常包含了測(cè)序機(jī)的信息哈踱、測(cè)序的run信息荒适、樣本的信息等。
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77：這是FLAG字段开镣，表示這個(gè)read的一些屬性刀诬。77的二進(jìn)制是1001101，表示這個(gè)read是配對(duì)的邪财，但是沒(méi)有比對(duì)到參考序列陕壹，而且它的配對(duì)read也沒(méi)有比對(duì)到參考序列。141的二進(jìn)制表示是10001101树埠，所以這個(gè)read的屬性包括：read是配對(duì)的; read沒(méi)有比對(duì)到參考序列; read的配對(duì)read沒(méi)有比對(duì)到參考序列; read是第二條read（在paired-end測(cè)序中）
FLAG字段糠馆，是一個(gè)二進(jìn)制數(shù)，用來(lái)表示read的一些屬性; 每一位的含義如下：
1：read是配對(duì)的
2：read在配對(duì)中
4：read沒(méi)有比對(duì)到參考序列
8：read的配對(duì)read沒(méi)有比對(duì)到參考序列
16：read比對(duì)到參考序列的反鏈
32：read的配對(duì)read比對(duì)到參考序列的反鏈
64：read是第一條read（在paired-end測(cè)序中）
128：read是第二條read（在paired-end測(cè)序中）
256：read不是主要的比對(duì)結(jié)果
512：read沒(méi)有通過(guò)質(zhì)量控制
1024：read是PCR或克隆的重復(fù)
*：這是參考序列的名字弥奸，*表示這個(gè)read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列榨惠。0：這是read比對(duì)到參考序列的位置奋早，0表示這個(gè)read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列盛霎。0：這是MAPQ字段，表示比對(duì)的質(zhì)量耽装，0表示這個(gè)read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列愤炸。*：這是CIGAR字符串，描述了read如何比對(duì)到參考序列掉奄。*表示這個(gè)read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列规个。*：這是配對(duì)read比對(duì)到的參考序列的名字凤薛，*表示配對(duì)的read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列。0：這是配對(duì)read比對(duì)到的參考序列的位置诞仓，0表示配對(duì)的read沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列缤苫。0：這是插入片段的長(zhǎng)度，0表示沒(méi)有插入片段墅拭。*：這是read的序列活玲，*表示read的序列沒(méi)有給出。
總的來(lái)說(shuō)谍婉，示例中的read和它的配對(duì)read都沒(méi)有比對(duì)到任何參考序列舒憾。
