微信公眾號：生物信息學(xué)習(xí)
最近我們需要做個seqlogo圖佛寿，之前給大家介紹過一個在線版的做seqlogo的工具，但不太滿足我們的要求回铛，于是我們又找了幾個工具狗准，最后發(fā)現(xiàn)ggseqlog最好用
library(ggseqlogo)
data(ggseqlogo_sample)
# Plot a single DNA sequence logo
p1 = ggseqlogo( seqs_dna[[1]] )
p1
image.png
我們的數(shù)據(jù)是已經(jīng)把突變頻率計算出來了，所以method要用custom茵肃，具體用法看下面的例子
mydata<-matrix(rexp(20),4)
rownames(mydata)<-c("A","G","C","T")
colnames(mydata)<-c("a","b","c","d","e")
ggseqlogo(mydata,method="custom")
最后結(jié)果如下所示：
image.png
如果想設(shè)置橫坐標(biāo)的12345換成特定的列名，則
ggseqlogo(mydata,method="custom")+scale_x_discrete(limits=colnames(mydata))
image.png
