引言

不像在windows上面下載安裝包進行安裝那么簡單弊琴，你只要選擇好安裝目錄苹粟，然后一直next就行肿嘲。要在Linux下通過源碼安裝R包是一件非常耗時耗力的事情滑燃。由于個人工作性質(zhì)的原因往果，需要常常使用大型機進行作業(yè)疆液，但是大型機基本都是Linux系統(tǒng)，由于需要使用R,并且經(jīng)常會做一些個性化分析陕贮，需要自己安裝相應的R包堕油，但是由于自己沒有root權限，在安裝軟件時難免會收到這樣那樣的掣肘飘蚯。我第一次安裝R以失敗告終馍迄，因為安裝R時會告訴你需要A庫，然后你去安裝A庫局骤，但是當你去安裝A庫的時候又會告訴你需要安裝B庫攀圈，如此循環(huán)往復，最后終于心撕力竭峦甩，手頭又有其他事情要忙赘来，終于鎩羽而歸。但是有一天遇到王道明凯傲，他正好也有過如此安裝R的經(jīng)歷犬辰，最后捯飭了半天終于成功，最后還把這個經(jīng)歷總結下來冰单，我當時內(nèi)心狂喜幌缝，仿佛得到了武功秘籍。想著終于可以痛快地安裝R了诫欠，但是事實證明我還是Too young Too simple,最后還是經(jīng)歷了之前沒有預想到的大坑涵卵，憑借著王道明的安裝指南和R官方文檔浴栽，才終于功德圓滿，取經(jīng)歸來轿偎。

第一難：R依賴庫的安裝

在安裝R之前首先要安裝R依賴的包典鸡，如何知道R安裝需要什么包呢？可以去看R的官方文檔R Installation and Administration ,我們主要要安裝的依賴包是zlib坏晦，bzip萝玷，liblzma(這個包如果直接搜索liblzma出來的會是XZ，沒錯昆婿，需要安裝的就是XZ)以及PCRE球碉。不過首先需要注意的是，我安裝的R版本是R-3.4.2 Short Summer挖诸，2017-09-28發(fā)行汁尺，而依照的官方文檔也是Version 3.4.2 2017-09-28，因此其他版本的不一定完全適用多律，但是一般來說R所依賴的包大致都是這些痴突，可能有版本的區(qū)別，安裝R的大致順序也差不多狼荞。其次辽装，在安裝這些庫時最好遵照我下面給出的順序來依次進行。否則就會報錯相味。
1.安裝zlib1.2.5版本及以上

cd zlib-1.2.11
./configure --prefix =/bulider/software/zlib
make  
make install

2.安裝bzip

cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
修改Makefile 中的PREFIX=/bulider/software/bzip2
make && make install

3.安裝liblzma5.0.3版本及以上

cd xz-5.2.3
./configure -prefix=/bulider/software/xz
make
make install

4.安裝pcre

tar -zxvf pcre-8.41.tar.gz
cd pcre-8.41
./configure --enable-utf --enable-unicode-properties --enable-jit --disable-cpp --prefix /bulider/software/pcre##這個包的安裝參數(shù)是有要求的拾积，因此用的是官方文檔的推薦命令
make
make install

5.安裝libcurl7.22.0及以上，但是不要超過版本8

tar -zxf curl-7.28.0.tar.gz
cd curl-7.28.0
./configure --prefix=/bulider/software/curl
make
make install

第二難：安裝R

安裝了一打R的依賴包以后丰涉，你以為就能修成正果拓巧，急流勇退了嗎？如果你有這個想法我想說你還是圖樣圖森破一死！上臺拿衣服肛度！
1.進行configure

/source/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include"##第一步檢查環(huán)境配置，生成Makefile

首先注意一點投慈，如果你要把R安裝到另一個文件夾里而不是源碼所在的文件夾里承耿，那么你首先要創(chuàng)建一個文件夾，然后在這個文件夾里對R進行編譯伪煤，在configure時要加上全路徑/source/R-3.4.2/configure加袋，同時在后面加上--prefix=參數(shù)，比方我要安裝到/builder/software/R,那么就需要加入--prefix=/builder/software/R這個參數(shù)抱既，而我的源碼在/source/R-3.4.2這個文件夾里职烧。
其次由于R是用C語言寫的，因此要從源碼編譯R需要把R的源碼需要通過gcc將源碼編譯為可執(zhí)行文件。在前面我們安裝了一些R的依賴庫阳堕，這些依賴庫是在編譯R的時候要用到的跋理，如果在一般情況下這些依賴庫都會放到系統(tǒng)指定的位置來進行使用，但是由于我沒有root權限恬总，因此無法將這些庫文件放到系統(tǒng)指定的庫路徑或者修改相應的配置文件，只能把這些庫的路徑通過LDFLAGS和CPPFLAGS這兩個參數(shù)來傳遞給gcc肚邢，關于這兩個參數(shù)可以參考壹堰。告訴gcc這些路徑里有相應的庫。其中LDFLAGS傳遞的是給鏈接器的參數(shù)骡湖，CPPFLAGS傳遞的是相應的頭文件贱纠。這兩個參數(shù)都是configure的參數(shù)。
2.通過上一步生成了Makefile后响蕴，覺得勝利已經(jīng)在前方向你招手谆焊，于是你進行了

make

但是出現(xiàn)了報錯！

/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_assign_jit_stack'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_jit_stack_alloc'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[3]: Leaving directory `/builder/software/R/src/main'
make[2]: *** [R] Error 2
make[2]: Leaving directory `/builder/software/R/src/main'
make[1]: *** [R] Error 1
make[1]: Leaving directory `/builder/software/R/src'
make: *** [R] Error 1

這個報錯是因為什么原因?qū)е碌钠忠模课覀兛梢钥吹嚼锩嬲f

/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)

說缺少libpcre.so.1和liblzma.so.5這兩個庫文件辖试，我心里浮現(xiàn)了一副黑人問號臉我在前面./configure的時候還傳入了PCRE和XZ這兩個庫的路徑，為什么還是會報錯劈狐？
于是我先是進行了谷歌罐孝，從谷歌上找到了一篇R安裝攻略,在這篇攻略里也提到了這個問題，

此處報錯是由于沒有找到動態(tài)庫肥缔，看第一二行
解決方法：添加動態(tài)庫
cat /etc/ld.so.conf
include ld.so.conf.d/*.conf
/opt/pcre-8.39/lib
/opt/xz-5.2.2/lib

但是在這個攻略里最后的解決方法是修改/etc/ld.so.conf文件莲兢，將前面安裝的庫的路徑添加到這個文件中，但是我沒有root權限续膳，并不能修改這個文件改艇，因此這個方法對我并不適用。后來在鵬帆和許驕的提醒下坟岔，我們在后面看到建議說try using -rpath or -rpath-link,后來我搜索了這兩個命令谒兄，這兩個命令是用于通過gcc向ld傳遞參數(shù)的時候用的，

gcc編譯鏈接動態(tài)庫時炮车，很有可能編譯通過舵变，但是執(zhí)行時，找不到動態(tài)鏈接庫瘦穆，那是因為-L選項指定的路徑只在編譯時有效纪隙，解決方法是通過-Wl(注意，是字母表K之后的小寫L),rpath=<your_lib_dir>扛或，使得execute記住鏈接庫的位置

于是我試著在configure的時候加入這兩個參數(shù)

/builder/software/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib  -Wl,--rpath/builder/software/pcre/lib -Wl,--rpath/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/software/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include

但是這樣總會報錯绵咱，后來我知道，configure的時候我們傳入的參數(shù)都會寫到Makeconf文件里面熙兔，那么我可不可以先按照原來的我方法先進行configure悲伶，然后再對Makeconf文件進行修改呢艾恼？于是我還是先按照之前的方法進行configure

/builder/software/R-3.4.2/configure --prefix=/builder/software/R --en
able-R-shlib --with-cairo  --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling LDFLAGS="-L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/so
ftware/curl/lib" CPPFLAGS="-I/builder/software/zlib/include -I/builder/softw
are/bzip2/include -I/builder/software/xz/include -I/builder/software/pcre/in
clude -I/builder/software/curl/include

然后在make之前修改Makeconf中的參數(shù)

LDFLAGS = -L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib   -L/builder/software/curl/lib -Wl,-rpath=/builder/software/xz/lib -Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib

再進行

make

之前的報錯終于不見了!但是出現(xiàn)了新的報錯心里有句mmp:

/usr/bin/ld: cannot find -lpcre
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [libR.so] Error 1
make[3]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src/main'
make[2]: *** [R] Error 2
make[2]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src/main'
make[1]: *** [R] Error 1
make[1]: Leaving directory `/builder/software/R-3.4.2/src'
make: *** [R] Error 1

于是我在想，可能是前面我把LDFLAGS里面參數(shù)由-L/builder/software/pcre/lib修改為了-Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib之后不再出現(xiàn)原來的報錯麸锉，但是現(xiàn)在又出現(xiàn)了新的報錯钠绍，而我在使用原來的參數(shù)時不會出現(xiàn)這個新的報錯，結合之前我搜索到的結果,是不是因為我之前的寫法只能讓路徑gcc在編譯時有效,而后來的寫法只能讓其在進行運行時有效花沉？那么如果我讓兩種參數(shù)同時出現(xiàn)柳爽，雖然我把庫的路徑傳遞了兩次，但是會不會就不再報錯了碱屁？時間是檢驗真理的唯一標準磷脯！先試驗一把！于是我把兩種參數(shù)的路徑都加到了Makeconf中

LDFLAGS = -L/builder/software/zlib/lib  -L/builder/software/bzip2/lib -L/builder/software/xz/lib -L/builder/software/pcre/lib -L/builder/software/curl/lib -Wl,-rpath=/builder/software/xz/lib -Wl,-rpath=/builder/software/pcre/lib

再次進行

make

終于沒有了報錯娩脾。說明make成功了赵誓，于是我再進行

make install

終于安裝完成！你挑著擔我牽著馬

總結

1.在Linux下用源碼安裝R是個大坑尤其是在沒有root權限的情況下
2.安裝R之前一定要將R要求的依賴庫預先安裝好柿赊，版本和安裝順序都要對俩功。具體可以參考R官方文檔R Installation and Administration 。
3.在安裝好R的依賴庫之后闹瞧，在進行R的安裝的時候要注意將依賴庫的路徑傳入到參數(shù)中绑雄，而且一定要注意傳入的方式。
4.注意分析報錯信息奥邮，從中尋找原因万牺，不要盲目瞎想，多谷歌洽腺，多問老司機脚粟。
5.關于-Wl -rpath更詳細的介紹參考