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簡單易學(xué)的人鼠同源基因轉(zhuǎn)化大法了解一下！
大家好奴紧，又和大家見面了特姐，之前我們醫(yī)學(xué)方推出了兩篇帖子關(guān)于基因ID的轉(zhuǎn)化，分別是借助 biomaRt和clusterprofiler包黍氮，來幫助大家實現(xiàn)同一物種ID的轉(zhuǎn)化唐含，當(dāng)然這里的物種一般指的是人類浅浮，ID呢，通常是三類：entrez gene ID, HUGO symbol, ensembl ID捷枯，關(guān)于各類ID的介紹之前的帖子里面也有介紹滚秩，這里我就不在累贅了。
今天呢淮捆，我的主題是不同物種之間ID的相互轉(zhuǎn)換郁油，比如如果我們小鼠的gene ID如何進(jìn)行同源性映射到人上面去呢？這個就是我們這次要達(dá)到的目的攀痊。因為畢竟大部分實驗室的操作對象主要是小鼠桐腌，很少會有人拿病人來做測序分析或者芯片分析。
今天我們主要基因R語言借助Biomart包來實現(xiàn)物種同源性轉(zhuǎn)化苟径。首先案站，我們先去看一下什么是物種的同源性。同源性是比較生物學(xué)中的一個概念棘街。同源蟆盐，最基本的意義就是具有共同祖先。當(dāng)然這里不是說人和鼠有相同的祖先遭殉，我們這里的分子水平的同源性石挂。從分子水平講則是指兩個核酸分子的核苷酸序列或兩個蛋白質(zhì)分子的氨基酸序列間的相似程度，那我們就說二者同源险污，就是說可以相互轉(zhuǎn)化的基因具有一定的序列相似性痹愚，那么二者的基因便可以成為同源基因。通過檢索百度百科蛔糯，給了我們一個明確的定義：許多不同的物種間都具有同源性±锊現(xiàn)代分子生物學(xué)中的同源性描述的是基因與基因之間相似關(guān)系，它表明的是兩個相比較的序列之間的匹配程度渤闷。一般來說疾瓮，如果兩條基因序列相似性達(dá)80%，就可以把它們稱為“同源基因(homologousgene)”飒箭。
下面我們正式開始主題：
1
包的下載與安裝
之前我們ID轉(zhuǎn)換第一講狼电，就告訴大家包的下載與安裝，如果之前的沒有看到弦蹂，可以執(zhí)行下面的命令：
2
選擇目標(biāo)數(shù)據(jù)庫和數(shù)據(jù)集
這里選擇人和小鼠
注解：useMart一般后面跟兩個參數(shù)肩碟，第一個參數(shù)是借助ensemble數(shù)據(jù)庫，第二個參數(shù)是告訴選擇哪個物種的數(shù)據(jù)集凸椿。
3
測試基因集
我選擇了兩個小鼠基因"Zfp286", "Tmx2"削祈，接著把他們構(gòu)造成一個向量genes = c("Zfp286", "Tmx2")
4
小鼠基因同源映射到人
這里面最關(guān)鍵的就是getLDS函數(shù)；
attri
