2020年5月恨搓，Nature Communications發(fā)表了一篇蚯蚓基因組組裝結(jié)合10x Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序探究蚯蚓再生機制的文章蚂夕。
當(dāng)時看到這篇報道的文獻題目時，心情非常激動濒蒋，沒想到10x單細胞轉(zhuǎn)錄組如此快的侵入了Denovo的世界，選擇的點也是非常好的，而且現(xiàn)如今denovo的文章能發(fā)在NC上蹦掐，想必這個工作也應(yīng)該是比較漂亮的。
晚上抱著虔誠的心情拿出來仔細拜讀了一下原文僵闯，說實話卧抗，有點小失望。整體感覺作者能把這篇基因組文章發(fā)出來應(yīng)該是經(jīng)歷了很多磨難鳖粟，最后能被NC接收也算是比較幸運了社裆。全篇總體看下來沒有什么亮點和對再生機制解析比較深入的地方，對再生機制解釋的幾部分內(nèi)容難免有生拉硬拽向图，硬往上靠的嫌疑泳秀，最后的單細胞轉(zhuǎn)錄組恐怕也有為了增加亮點后補進去的。當(dāng)然张漂，這只是我個人的推測晶默，我們尊重作者在這篇文章上付出的努力，這里只客觀評價航攒，沒有否定的意思磺陡。
因為沒有特別亮點的深入的東西可以說，我大概介紹一下幾塊內(nèi)容：
首先漠畜，文章結(jié)果第一部分币他，是denovo文章比較傳統(tǒng)的行文思路，先介紹基因組組裝的數(shù)據(jù)憔狞、組裝方法和指標已經(jīng)組裝質(zhì)量評估的內(nèi)容（其實現(xiàn)在很多做的好的denovo文章都不會在正文里這樣去寫了）蝴悉。這個基因組用了80X的Pacbio數(shù)據(jù)（用的Pacbio RS平臺？瘾敢？RS的平臺是在2011年推出的拍冠，這個文章是做了幾年了？簇抵？）然后用了100X的Hi-C庆杜，contig指標現(xiàn)在來看就算一般，740kb碟摆。當(dāng)你看到文章主圖的那一剎那晃财，就會感覺事兒不好。典蜕。断盛。主圖是一個蚯蚓照片+核型照片+Hi-C組裝的互作熱圖+基因組圈圖罗洗。
接著，第二部分钢猛，作者用了大量的篇幅去講蚯蚓再生過程中的表型觀察伙菜，增加一些這部分內(nèi)容是個好事兒，但是行文略顯啰嗦厢洞。接著對再生過程不同時間點做了mRNA-seq仇让，這部分不算有什么好結(jié)果，就是常規(guī)的對功能注釋的結(jié)果做了一些推測躺翻，可能與再生有關(guān)丧叽。
再往下，講的是重復(fù)序列和基因家族的分析公你，這部分硬圍繞再生去靠的感覺就比較明顯了踊淳，或許作者最初做這個蚯蚓基因組的工作希望能在進化上講一些故事，所以重復(fù)序列的分析和基因家族陕靠，選擇進化等方面應(yīng)該都是做了常規(guī)的工作了迂尝，但是沒有什么特別好的點，最后想把文章丟出去剪芥，只能選擇圍繞再生這個點垄开，去從已經(jīng)做了的工作中去找能夠靠的上再生的一些內(nèi)容去填進去。做的結(jié)果沒有什么特別可以說的税肪，就是說LINE2擴增溉躲，再結(jié)合之前做的mRNA-seq的結(jié)果，認為LINE2會影響一些再生相關(guān)基因表達益兄《褪幔基因家族分析也是這樣，找到一些有關(guān)的净捅，或者報道的基因說一說疑枯。然后做了個WGCNA，相當(dāng)大的篇幅蛔六，我也不想多說什么這塊的內(nèi)容了荆永，沒有什么增彩的地方。
最后說一下單細胞轉(zhuǎn)錄組部分国章，用10x Genomics的平臺屁魏，測了切斷前4個體節(jié)72h后的樣本，一共只有2080個細胞捉腥，細胞數(shù)不多，不過也還可以你画，但是平均基因數(shù)只有493個抵碟，文章沒有說明細胞的活率桃漾，是什么問題不清楚。對細胞進行分群拟逮，由于蚯蚓沒有報道的干細胞marker基因撬统，只能用跟再生相關(guān)的同源基因SOX2和ACTB來做，也確實發(fā)現(xiàn)了在一些cluster里表達敦迄，差異表達分析發(fā)現(xiàn)的高表達基因一些也跟干細胞有關(guān)恋追，然后用其他的一些marker gene鑒定了一些類群，文章做到這里也就沒什么了罚屋】啻眩可以說單細胞這部分除了算補充了個新技術(shù)，給文章增加點亮點脾猛，并沒有對再生方面有更深入的解析撕彤。
如果大家感興趣的話可以去看一下原文，我確實沒有什么心情去詳細給大家解讀這篇文章了猛拴。如果大家對單細胞在再生方面的文章感興趣羹铅，推薦一篇2018年發(fā)表在Science上的蠑螈指再生的單細胞文章，做的很漂亮愉昆。
「2020年06月10日 ·北京」
現(xiàn)在已經(jīng)可以摘口罩啦职员，心情相當(dāng)美好，甚至有種大難不死必有后福的趕腳^_^
