什么是基因本體論（GO）？
基因本體論（Gene Ontology，GO匿垄，http://www.geneontology.org/）是國(guó)際基因功能分類系統(tǒng)，旨在建立一套隨著研究動(dòng)態(tài)更新的可控詞匯表來(lái)限定和描述各個(gè)物種的基因和蛋白質(zhì)功能归粉。該數(shù)據(jù)庫(kù)將收錄的基因本體按照術(shù)語(yǔ)描述的內(nèi)容不同椿疗，將所有基因本體分為三大類：生物過(guò)程（Biological Process）、細(xì)胞組分（Cellular Component）糠悼、分子功能（Molecular Function）届榄。GO的基本單位是term，每個(gè)term對(duì)應(yīng)一個(gè)功能類別或細(xì)胞定位倔喂，一個(gè)基因可能對(duì)應(yīng)一個(gè)或多個(gè)term铝条。
GOplot的GO circle可視化
GO分析是幾乎所有轉(zhuǎn)錄組相關(guān)論文中必有的一部分，其展示結(jié)果也多種多樣席噩。其中GOplot?R包的可視化因形式美觀班缰、信息量大而頗受人們的喜愛。如圖所示悼枢。
該圖使用圓形形式展示富集結(jié)果埠忘，左側(cè)：外圈是名字，中圈為差異情況（up和down），內(nèi)圈為z-score（不是常規(guī)的統(tǒng)計(jì)z-score莹妒，僅給一個(gè)term是更可能降低（負(fù)值）或升高（正值）的暗示假丧，計(jì)算方法：(up基因數(shù)-down基因數(shù))/sqrt(基因數(shù))）。右側(cè)：GO ID對(duì)應(yīng)的term名字动羽。
對(duì)GOplot的GO circle圖有了初步了解后，我們就可以用微生信云平臺(tái)在線繪制出圖了渔期。
1.打開繪圖頁(yè)面
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GOplot_circle_plot_144
2.下載示例數(shù)據(jù)
輸入數(shù)據(jù)包括兩部分
（1)GO的富集結(jié)果运吓，包括5列，分別為：分類疯趟，GOID拘哨，GO term名字，基因和p值（或者p.adj等）信峻，必需保持5列內(nèi)容倦青。
（2)富集結(jié)果基因及其對(duì)應(yīng)的logfc№镂瑁可以使用微生信工具：
根據(jù)某列索引從原始數(shù)據(jù)中提取感興趣行從總表中提取
3.?拷貝并粘貼示例數(shù)據(jù)
注意产镐，需將富集數(shù)據(jù)粘貼到富集結(jié)果數(shù)據(jù)框，基因log2fc數(shù)據(jù)粘貼到基因log2倍數(shù)變化數(shù)據(jù)框踢步，數(shù)據(jù)保持必需一致癣亚。
4.修改參數(shù)，并提交
圖片大小顏色以及標(biāo)注字體大小等都可以個(gè)性化定制获印，可滿足不同的繪圖需求述雾。
5.提交出圖
6.其他注意點(diǎn)
第一列名字無(wú)所謂，但是第二列必需是GO:開頭的
logFC和z-score的位置會(huì)根據(jù)數(shù)據(jù)及顏色自動(dòng)左右調(diào)換
文字截?cái)啵梢酝ㄟ^(guò)調(diào)整圖片寬度避免）兼丰，修改字體玻孟、調(diào)整字體大小等，請(qǐng)使用inkscape軟件進(jìn)行操作
將GO:后邊的數(shù)值換成kegg?pathway id（或者任意其他有意義的ID）鳍征，就可以繪制pathway的結(jié)果黍翎，后續(xù)用inkscape改下名字即可（編輯pdf，或者svg轉(zhuǎn)pdf后再編輯）
沒有預(yù)覽就是沒有出圖蟆技，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)玩敏，檢查輸入數(shù)據(jù)格式！
基本可以滿足90%的需求质礼。
左手微生信旺聚，右手inkscape，神器在手眶蕉，作圖無(wú)憂砰粹！?
微生信云平臺(tái) 注冊(cè)用戶40000 引用415
微生信云平臺(tái)（http://www.bioinformatics.com.cn）以160多款在線作圖、在線數(shù)據(jù)分析工具為基本方式，致力于0代碼分析數(shù)據(jù)碱璃，0代碼展示數(shù)據(jù)結(jié)果弄痹，幫助生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的40000多名科研工作者更便捷地分析數(shù)據(jù)嵌器，了解數(shù)據(jù)肛真，挖掘數(shù)據(jù)背后的生物醫(yī)學(xué)意義，助力發(fā)高分文章爽航，促進(jìn)知識(shí)傳播蚓让。
