學(xué)習(xí)內(nèi)容
-怎么區(qū)分一二三代測序
-二代測序大體流程
-NGS組學(xué)都包括哪些分類(粗略)
-必備名詞
flowcell: 測序反應(yīng)的載體/容器,1個flowcell有8個lane
lane: 測序反應(yīng)的平行泳道荒叼,試劑添加浩淘、洗脫等過程的發(fā)生位置
tile: 每次熒光掃描的位置冤留,肉眼是看不到的
雙端測序: 可能序列比較長有四五百bp譬巫,兩邊各測120-150bp
junction: 雙端測序中間一些沒有測到的區(qū)域
flowcell構(gòu)造:一個lane包含兩列(swath)捣鲸,每一列有60個tile漫贞,每個tile會種下不同的cluster甸箱,每個tile在一次循環(huán)中會拍照4次(每個堿基一次)
-邊合成邊測序(sequence by synthesis, SBS)~合成
區(qū)分一二三代測序
二代測序大體流程
1.DNA文庫構(gòu)建
將基因組DNA隨機片段化,然后通過末端修復(fù)迅脐、磷酸化芍殖、加A等步驟修補成平末端,最后加上特定的接頭(Adaptor)谴蔑,構(gòu)建成DNA文庫豌骏。
2.簇的生成——橋式PCR
Flowcel上面連有兩種接頭(P5、P7)隐锭,當(dāng)DNA經(jīng)變性后流經(jīng)Flowcell時窃躲,利用Flowcell上的接頭與DNA兩端的接頭相互匹配。DNA進(jìn)行橋式PCR擴(kuò)增钦睡,從而將堿基信號放大蒂窒。通過橋式PCR不斷循環(huán)獲得上百萬條成簇分布的雙鏈待測片段。