之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件芍殖， 詳細介紹了fastq-dump的用法。
雖然fastq-dump參數很多谴蔑，而且一直被吐槽參數說明寫的太差豌骏，但是如果真的要用起來其實也就是一行代碼
fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra
# 加上--gzip后需要時間進行文件壓縮
當然除了參數問題，還有一個讓人詬病的地方就是他只能單個線程隐锭，所以速度特別的慢窃躲。盡管相對于下游分析要分析好幾天而言，這點時間還能能等的钦睡。但是能快一點總是好的蒂窒，所以在2018年的6月份，sra-tools更新了一個新的sra解壓工具荞怒，fasterq-dump, a faster fastq-dump洒琢，它能利用臨時文件和多線程加速從SRA文件提取FASTQ。
fasterq-dump的用法和fastq-dump一樣褐桌，如下所示
fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra
如上代碼運行時如果出現報錯 err: invalid accession 'SRR5318040.sra '衰抑，請改用如下代碼
fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040
注意，這個 ./ 非常重要荧嵌，這意味著我們使用的是下載到本地的sra數據停士。
此外還有建立了GitHub Wiki提供使用教程挖帘，參見https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。
重點參數是-e|threads, 用于選擇使用多少線程進行運行恋技，默認是6個線程。 同時考慮到有些人容易著急逻族，還提供了-p選項用于顯示當前進度蜻底。
我用一個9G大小的SRA文件，分別以fastq-dump和fasterq-dump進行了測試聘鳞。
time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra
# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total
time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040
# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total
同樣的如果上面的fastqer-dump運行報錯薄辅，請把 SRR5318040.sra 改成 ./SRR5318040.
從用戶模式(user mode)來看, 兩者的總CPU使用時間都差不多是560秒，從內核模式來看(Kernel Mode)來看抠璃，fasterq-dump花了更多時間在調用底層硬件上站楚，例如分配內存地址。fastq-dump基本上穩(wěn)定在一個線程搏嗡，而fasterq-dump盡管指定了20個線程窿春，但平均只用了11.5個線程吧。
對于我們而言采盒，我們只要看最后的total部分旧乞，也就是實際花了多少時間。fastq-dump花了快10分鐘磅氨，而fasterq-dump只需要1分鐘尺栖，快了9倍多。
最后還有一點不足之處：輸出的fastq的ID目前暫時沒有選項可以調整烦租，需要自己寫個腳本解決延赌。
