1. 數據來源于這個網站,下載水稻所有RNA-seq數據
2. 準備自己的基因IDs文件, 注意基因是一行,而且空格隔開珊燎。
3. 利用腳本提取所有目標基因的所有樣本的表達譜數據
perl extract_SRA.pl ALl_clusterI_genes.txt ../epigenetic_regulators/ALL_PFKM.txt >ALL_clusterI_FPKM.txt
4. 處理提取的數據,把每一列的列名之間從\t
換成空格
。
5. 選擇自己感興趣的處理組(來自SRAIDs.xls)炼杖,可以選擇一個基因在網站進行搜索 下載所有SRA號和對應處理,以方便后續(xù)選擇盗迟。
6.準備SRA IDs坤邪,每個SRA ID一行
7.提取,注意目前Perl腳本有點bug最后一個SRA提取不到罚缕,需要寫兩遍(僅僅最后一個寫兩遍)艇纺。
perl Ectrac_SRA.pl Title.txt SRAIDs.txt ALL_clusterI_FPKM.txt >Submerge_stress_FPKM.txt