提取Rice RNA-seq Database(南方科大)數據

1. 數據來源于這個網站,下載水稻所有RNA-seq數據

image.png
image.png

2. 準備自己的基因IDs文件, 注意基因是一行,而且空格隔開珊燎。

image.png

3. 利用腳本提取所有目標基因的所有樣本的表達譜數據

perl extract_SRA.pl ALl_clusterI_genes.txt   ../epigenetic_regulators/ALL_PFKM.txt >ALL_clusterI_FPKM.txt

4. 處理提取的數據,把每一列的列名之間從\t換成空格

image.png

5. 選擇自己感興趣的處理組(來自SRAIDs.xls)炼杖,可以選擇一個基因在網站進行搜索 下載所有SRA號和對應處理,以方便后續(xù)選擇盗迟。

image.png

6.準備SRA IDs坤邪,每個SRA ID一行

image.png

7.提取,注意目前Perl腳本有點bug最后一個SRA提取不到罚缕,需要寫兩遍(僅僅最后一個寫兩遍)艇纺。

perl Ectrac_SRA.pl  Title.txt  SRAIDs.txt   ALL_clusterI_FPKM.txt  >Submerge_stress_FPKM.txt
?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個濱河市邮弹,隨后出現(xiàn)的幾起案子黔衡,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖腌乡,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,839評論 6 482
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件盟劫,死亡現(xiàn)場離奇詭異,居然都是意外死亡导饲,警方通過查閱死者的電腦和手機捞高,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,543評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門氯材,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來,“玉大人硝岗,你說我怎么就攤上這事氢哮。” “怎么了型檀?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 153,116評論 0 344
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵冗尤,是天一觀的道長。 經常有香客問我胀溺,道長裂七,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,371評論 1 279
  • 正文 為了忘掉前任仓坞,我火速辦了婚禮背零,結果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘无埃。我一直安慰自己徙瓶,他們只是感情好,可當我...
    茶點故事閱讀 64,384評論 5 374
  • 文/花漫 我一把揭開白布嫉称。 她就那樣靜靜地躺著侦镇,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪织阅。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上壳繁,一...
    開封第一講書人閱讀 49,111評論 1 285
  • 那天,我揣著相機與錄音荔棉,去河邊找鬼闹炉。 笑死,一個胖子當著我的面吹牛润樱,可吹牛的內容都是我干的剩胁。 我是一名探鬼主播,決...
    沈念sama閱讀 38,416評論 3 400
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼祥国,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼昵观!你這毒婦竟也來了?” 一聲冷哼從身側響起舌稀,我...
    開封第一講書人閱讀 37,053評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤啊犬,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎,沒想到半個月后壁查,有當地人在樹林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體觉至,經...
    沈念sama閱讀 43,558評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 36,007評論 2 325
  • 正文 我和宋清朗相戀三年睡腿,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了语御。 大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片峻贮。...
    茶點故事閱讀 38,117評論 1 334
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖应闯,靈堂內的尸體忽然破棺而出纤控,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤碉纺,帶...
    沈念sama閱讀 33,756評論 4 324
  • 正文 年R本政府宣布船万,位于F島的核電站,受9級特大地震影響骨田,放射性物質發(fā)生泄漏耿导。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,324評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一态贤、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望舱呻。 院中可真熱鬧,春花似錦悠汽、人聲如沸狮荔。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,315評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至晚树,卻和暖如春姻采,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間,已是汗流浹背爵憎。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,539評論 1 262
  • 我被黑心中介騙來泰國打工慨亲, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道東北人宝鼓。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,578評論 2 355
  • 正文 我出身青樓刑棵,卻偏偏與公主長得像,于是被迫代替她去往敵國和親愚铡。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子蛉签,可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 42,877評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內容