?開題終于結(jié)束了，失蹤人口回歸，本次閱讀的是發(fā)表在《bioRxiv》上的《The SEEL Motif and Members of the MYB-related REVEILLE Transcription Factor Family are Important for the Expression of LORELEI in the Synergid Cells of the Arabidopsis Female Gametophyte》。
LRE 是一個(gè) GPI-AP 蛋白壹置，對(duì)于調(diào)控花粉管的接收非常重要，但是對(duì)于基因表達(dá)的調(diào)控的機(jī)制扔不清楚，因此本論文目的找到 LRE 的調(diào)控方式熙尉。
為了找到 LRE 潛在的序列調(diào)控元件，作者采取的兩種方式 ：in vitro Transcription Factor Binding Motif (TFBM) 數(shù)據(jù)集和 computationally-derived motif data搓扯。通過第一種方法作者篩選在僅在 LRE 中有检痰，而其他LRE-LIKE-GPI-AP-PROTEIN(LLG)沒有，作者一共篩選到三個(gè)潛在?TFBM 位點(diǎn)锨推。‘NATNATTNN’, ‘NNNTAWATTATNN‘, 和 ‘WAATATCT’铅歼。第二種方法中，結(jié)合了一個(gè)異質(zhì)性表達(dá)數(shù)據(jù)集换可，對(duì)助細(xì)胞細(xì)胞表達(dá)基因共表達(dá)的分析椎椰，在5,446 個(gè)助細(xì)胞的表達(dá)的基因中產(chǎn)生 145 簇的共表達(dá)的數(shù)據(jù)，其中產(chǎn)生49 CRE锦担，其中 2個(gè) CRE 在近端表達(dá)俭识，包括 NNNAAMGN’ and ‘WAATATCT于是作者進(jìn)一步選擇?WAATATCT 進(jìn)一步分析。
WAATATCT’ 和 ‘AAATATCT’,這一類型 motif 在25%的助細(xì)胞表達(dá)的基因中存在洞渔。AAATATCT’ motif 通常被稱為‘Short Evening Element’ (SEE)套媚，TAATATCT’motif是第一次在LRE中被鑒定到，被稱為Short Evening Element-Like’ (SEEL)motif磁椒。有趣的是保守的SEEL motif還在不同物種LRE的同源基因中廣泛存在堤瘤。
為了測試?SEEL motif 對(duì)于 LRE 功能是否重要，作者構(gòu)建了三種不同的突變形式浆熔，SEEL motif 刪除或是序列和GC 含量替換以及序列替換三種不同的形式本辐。GFP 的亮度均大大減弱，暗示著?SEEL motif 對(duì)于LRE轉(zhuǎn)錄調(diào)控非常重要医增。
為了找到參與調(diào)控LRE的轉(zhuǎn)錄因子慎皱，作者查詢了能夠參與調(diào)控?SEEL motif 的調(diào)控因子。找到 REVEILLE (RVE) TFs RVE3-6 和 RVE8叶骨，屬于11 成員 RVE TF 家族茫多。DAP-seq 數(shù)據(jù)顯示 RVE1, RVE4, RVE5, RVE6, RVE7, RVE7-like, RVE8 和 LHY 能夠與 SEEL motif 結(jié)合。此外忽刽， 體外實(shí)驗(yàn)中 Evening Element-like (LEEL) motif 能夠 RVE1 和 RVE5 結(jié)合天揖，在 binding microarrays 和 electrophoresis mobility shift 實(shí)驗(yàn)夺欲，RVE1, RVE2, RVE3, RVE4, RVE7,RVE8, CCA1, 和 LHY 能夠與 Long Evening Element (LEE) motif 結(jié)合，?EE 變體例如 SEE 和 EE-like (EEL) motifs 的基因在?rve8?中差異表達(dá)今膊。因此作者推測 LRE 在助細(xì)胞的表達(dá)應(yīng)該受到?RVE TFs 的調(diào)控些阅。
作者挑選了三個(gè)在助細(xì)胞中有表達(dá)的 RVE，RVE1, RVE5 和 RVE6 進(jìn)行后續(xù)分析斑唬。選擇?RT-qPCR 的方法檢測 rve1, rve5 和 rve6 市埋，LRE 的表達(dá)在這三個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的單突中均下調(diào)。隨后檢測突變體中?pLRE::GFP 表達(dá)赖钞，一方面?GFP 不亮的胚珠數(shù)目增多腰素，GFP 不亮的胚珠數(shù)目減少。暗示著 LRE 啟動(dòng)子是?RVE1, RVE5 和 RVE6 的結(jié)合位點(diǎn)雪营。
雖然給了一些新的提示弓千，但本文真的隔靴搔癢。
