序自《2020-02-08 wget（含參數(shù)技巧）下載eggNOG數(shù)據(jù)庫、安裝以及碰到的問題》
一啄育、使用
1、數(shù)據(jù)庫內(nèi)容
在下載好eggnog數(shù)據(jù)庫之后，
1）og2level.tsv.gz羊娃；；2）eggnog.db.gz埃跷；蕊玷；3）OG_fasta.tar.gz；弥雹；4）eggnog_proteins.dmnd.gz垃帅；；
5）HMM database(s): bact（存在了HMM_dblevels里）
包括：index.html剪勿；贸诚；bact_50.hmm.h3f；；bact_50.hmm.h3i酱固；械念；bact_50.hmm.h3m；运悲；bact_50.hmm.h3p龄减；；bact_50.hmm.idmap扇苞；欺殿；bact_50.info；鳖敷；bact_50.pkl
2脖苏、安裝好后測試
在軟件安裝目錄下
emapper.py -h? ? ? ? #查看使用幫助
python emapper.py -i test/polb.fa --output polb_bact -d bact --data_dir ~/data/eggnog.db? ? ? ? #按照別人的操作，我的報(bào)的報(bào)錯(cuò)了定踱，后來發(fā)現(xiàn)是不能到eggnog,db下棍潘，因?yàn)樗皇且粋€(gè)目錄，這是一個(gè)文件（也看是跟我下載的我有關(guān)系）python emapper.py -i test/polb.fa --output polb_bact -d bact --data_dir ~/data? ? ? ? #這樣就可以了
出現(xiàn)這些就證明可以正常使用了崖媚！
二亦歉、使用
注意：
python emapper.py -i /share/data1//lx_genome/genepredict/SZDP190917115/115.pep --resume --output 115_bact -d bact --data_dir /share/data1//software/eggnog-mapper-1.0.3/data
參數(shù)的選擇以及解釋：
參考：http://www.reibang.com/p/e646c0fa6443
eggnog-mapper默認(rèn)是以HMMER進(jìn)行序列搜索，盡管這可以通過-m diamond更改成DIAMOND畅哑，但結(jié)果中就會缺少一些信息列肴楷。
-d/--database表示搜索數(shù)據(jù)庫的類型，既可以是"euk, bact, arch" 三大類的其中一種荠呐，也可以是"eggnog-mapper/data/OG_fasta"中的小類赛蔫，例如"maNOG"表示的就是哺乳動物的NOG。此外也可以是自定義HMM數(shù)據(jù)庫泥张，-d /path/to/pfam.hmm
--usemem和--cpu?線程數(shù)提高運(yùn)行速度（如果服務(wù)器內(nèi)存比較大呵恢，線程比較多的話）
--output表示輸出文件的前綴，默認(rèn)輸出在當(dāng)前文件夾下媚创，
--output_dir可以更改為其他文件路徑渗钉；
--resume表示任務(wù)重啟后可以跳過之前已經(jīng)完成的部分，?
--override則表示覆蓋原先的輸出結(jié)果钞钙。
其他幾個(gè)基因的分析命令同上
至于如何同時(shí)使用這個(gè)在后臺同時(shí)運(yùn)行多條鳄橘，還需要學(xué)習(xí)，以后會補(bǔ)上芒炼。
三瘫怜、結(jié)果
注意：生成的文件默認(rèn)存在當(dāng)前的目錄下
參數(shù)參考：
1、使用eggNOG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行基因功能注釋?http://www.chenlianfu.com/?p=2804
2焕议、序列功能注釋神器：eggNOG-mapper，KEGG/COG/KOG/GO/BiGG 一網(wǎng)打盡http://www.biostack.org/?p=698
